摘要: 1、order函数用于返回向量大小顺序的秩。 测试: a <- c(3,5,2,0) order(a) 代码效果: b <- c(200,600,800,400,100) order(b) 代码效果: 可见 order函数默认用于返回向量从下到大排序在原始向量中的位次(秩)。 2、加参数decrea 阅读全文
posted @ 2020-09-26 17:16 小鲨鱼2018 阅读(54705) 评论(0) 推荐(2)
摘要: 1、comm 用于对两个文件取交集或者并集, 用法 comm file1 file2,生成三列数据,第一列file1唯一的行,第二列file2唯一的行,第三列file1和file2共有的行 创建测试数据 a.txt b.txt cat a.txt sss eee rrr 555 888 333 bb 阅读全文
posted @ 2020-09-26 15:47 小鲨鱼2018 阅读(1118) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 管道符、重定向和环境变量 一、输入输出重定向 1>: 表示标准输出,1可以省略; 2> :表示标准错误输出,2 一定不能省略。 > : 输出重定向,将清空原有的内容。 >>:输出重定向,将追加至原来文件的后面。 2、 管道符 :将上一个命令的标准输出作为下一个命令的标准输入。 例:grep "/sb 阅读全文
posted @ 2020-09-26 13:40 小鲨鱼2018 阅读(135) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、在使用gatk 构建 索引文件过程中报错如下: 2、查看java java java --version echo $JAVA_HOMErpm -qa|grep jdk 发现没有安装java。 3、下载安装java 下载地址 https://www.oracle.com/java/technol 阅读全文
posted @ 2020-09-21 11:46 小鲨鱼2018 阅读(216) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、安装gatk-4.1.8.1遇到如下报错: 2、检测python 发现只有python3 3、为Python3建立软连接: 4、测试python 和 gatk 已经可以使用。 阅读全文
posted @ 2020-09-20 21:36 小鲨鱼2018 阅读(909) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、samtools软件安装中遇到如下问题: ./configure 2、解决方法 yum install gcc gcc-c++ zlib zlib-devel openssl openssl-devel libtool -y 参考:https://www.cnblogs.com/clicli/p 阅读全文
posted @ 2020-09-18 16:26 小鲨鱼2018 阅读(566) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、samtools安装过程中遇到: ./configure 2、解决方法: yum -y install libcurl-devel 参考:https://www.cnblogs.com/vania/p/7081427.html 阅读全文
posted @ 2020-09-18 16:16 小鲨鱼2018 阅读(620) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、安装samtools 软件中 遇到如下错误: ./configure 2、解决办法: yum -y install xz-devel 参考:https://support.huaweicloud.com/topic/199412-5-Q 阅读全文
posted @ 2020-09-18 16:07 小鲨鱼2018 阅读(1937) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、安装samtools软件过程中遇到如下错误: ./configure 2、解决办法: yum -y install bzip2-devel 参考:https://github.com/samtools/htslib/issues/702 阅读全文
posted @ 2020-09-18 15:56 小鲨鱼2018 阅读(2273) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、安装samtoos软件过程中遇到如下报错: ./configure 2、解决方法,参考:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3249515&do=blog&id=1012337 yum -y install ncurses-devel 阅读全文
posted @ 2020-09-18 15:34 小鲨鱼2018 阅读(2910) 评论(0) 推荐(0)