小鲨鱼2018

2020年10月1日

摘要： 1、遇到一个数据需要提取奇数列创建测试数据 [root@linuxprobe test]# seq -f %03g 60 | xargs -n 30 > test.txt[root@linuxprobe test]# seq -f c%02g 30 | xargs |cat - test.txt 阅读全文

posted @ 2020-10-01 23:12 小鲨鱼2018 阅读(782) 评论(0) 推荐(0)

linux系统如何提取奇数列

摘要： 1、遇到一个数据需要提取奇数列 [root@linuxprobe test]# cat test.txtc1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 c11 c12 c13 c14 c15 c16 c17 c18 c19 c20 c21 c22 c23 c24 c25 c26 c27 阅读全文

posted @ 2020-10-01 23:09 小鲨鱼2018 阅读(611) 评论(0) 推荐(0)

Can't exec "epstopdf": No such file or directory 报错解决

摘要： 1、运行perl程序遇到如下报错，Can't exec "epstopdf": No such file or directory 2、安装 epstopdf git clone https://github.com/lgong30/epstopdf.g cd epstopdf/ chmod +x 阅读全文

posted @ 2020-10-01 21:47 小鲨鱼2018 阅读(1306) 评论(0) 推荐(0)

sh: gnuplot: command not found 报错记录

摘要： 1、sh: gnuplot: command not found 2、安装 yum install gnuplot 阅读全文

posted @ 2020-10-01 17:51 小鲨鱼2018 阅读(2862) 评论(0) 推荐(0)

2020年9月30日

beagle 填充 Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: NaN

摘要： 1、使用beagle填充遇到如下报错： 2、原因是有两个相邻位点出现如下全部杂合基因型组合：目前原因未知。阅读全文

posted @ 2020-09-30 20:04 小鲨鱼2018 阅读(933) 评论(0) 推荐(0)

2020年9月28日

linux系统中split命令

摘要： 1、split命令用于分离文件创建测试文件： [root@linuxprobe test]# dd if=/dev/zero bs=1024 count=1000000 of=test.txt 1000000+0 records in 1000000+0 records out 102400000 阅读全文

posted @ 2020-09-28 23:50 小鲨鱼2018 阅读(950) 评论(0) 推荐(0)

R语言中创建数据框、数据框的常规操作

摘要： 1、利用data.frame函数随机生成数据框，dat1为生成的数据框 c1 <- 1:5 c2 <- c(2,5,1,8,6) c3 <- c("w","q","r","t","p") c4 <- c("i","w","u","z","v") dat1 <- data.frame(c1,c2,c3 阅读全文

posted @ 2020-09-28 18:41 小鲨鱼2018 阅读(15387) 评论(0) 推荐(0)

2020年9月27日

R语言中rep函数的用法

摘要： 1、R语言中rep函数主要是重复输出：简单示例： rep(1,4) ## 1重复4次 [1] 1 1 1 1 rep(1:3,4) ##向量1—3重复4次 [1] 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 2 3 2、each和time选项 rep(1:3,each = 3) ##每个元素重复三次阅读全文

posted @ 2020-09-27 23:20 小鲨鱼2018 阅读(27043) 评论(0) 推荐(0)

java.io.FileNotFoundException: (Too many open files) gatk MarkDuplicates标记重复报错解决

摘要： 1、使用gatk 对排序后bam文件进行标记重复出现如下报错：经过查询，是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。 2、查看并设置linux系统打开文件最大数目 ulimit -n ulimit -n 10240 ulimi 阅读全文

posted @ 2020-09-27 13:59 小鲨鱼2018 阅读(926) 评论(0) 推荐(0)

2020年9月26日

sratoolkits软件的安装 cdb-config：command not found 解决方法

摘要： 1、在ncbi下载sratools软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gztar -xzvf sratoolkit.2.10.8-centos_l 阅读全文

posted @ 2020-09-26 20:04 小鲨鱼2018 阅读(2283) 评论(0) 推荐(0)

公告