摘要：
1、利用data.frame函数随机生成数据框，dat1为生成的数据框 c1 <- 1:5 c2 <- c(2,5,1,8,6) c3 <- c("w","q","r","t","p") c4 <- c("i","w","u","z","v") dat1 <- data.frame(c1,c2,c3 阅读全文
posted @ 2020-09-28 18:41
小鲨鱼2018
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1、R语言中rep函数主要是重复输出： 简单示例： rep(1,4) ## 1重复4次 [1] 1 1 1 1 rep(1:3,4) ##向量1—3重复4次 [1] 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 2 3 2、each和time选项 rep(1:3,each = 3) ##每个元素重复三次 阅读全文
posted @ 2020-09-27 23:20
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摘要：
1、使用gatk 对 排序后bam文件进行标记重复出现如下报错： 经过查询，是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。 可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。 2、查看并设置linux系统打开文件最大数目 ulimit -n ulimit -n 10240 ulimi 阅读全文
posted @ 2020-09-27 13:59
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摘要：
1、在ncbi下载sratools软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gztar -xzvf sratoolkit.2.10.8-centos_l 阅读全文
posted @ 2020-09-26 20:04
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摘要：
1、order函数用于返回向量大小顺序的秩。 测试： a <- c(3,5,2,0) order(a) 代码效果： b <- c(200,600,800,400,100) order(b) 代码效果： 可见 order函数默认用于返回向量从下到大排序在原始向量中的位次（秩）。 2、加参数decrea 阅读全文
posted @ 2020-09-26 17:16
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摘要：
1、comm 用于对两个文件取交集或者并集， 用法 comm file1 file2，生成三列数据，第一列file1唯一的行，第二列file2唯一的行，第三列file1和file2共有的行 创建测试数据 a.txt b.txt cat a.txt sss eee rrr 555 888 333 bb 阅读全文
posted @ 2020-09-26 15:47
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摘要：
管道符、重定向和环境变量 一、输入输出重定向 1>: 表示标准输出，1可以省略； 2> ：表示标准错误输出，2 一定不能省略。 > : 输出重定向，将清空原有的内容。 >>：输出重定向，将追加至原来文件的后面。 2、 管道符 ：将上一个命令的标准输出作为下一个命令的标准输入。 例：grep "/sb 阅读全文
posted @ 2020-09-26 13:40
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摘要：
1、在使用gatk 构建 索引文件过程中报错如下： 2、查看java java java --version echo $JAVA_HOMErpm -qa|grep jdk 发现没有安装java。 3、下载安装java 下载地址 https://www.oracle.com/java/technol 阅读全文
posted @ 2020-09-21 11:46
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1、安装gatk-4.1.8.1遇到如下报错： 2、检测python 发现只有python3 3、为Python3建立软连接： 4、测试python 和 gatk 已经可以使用。 阅读全文
posted @ 2020-09-20 21:36
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摘要：
1、samtools软件安装中遇到如下问题： ./configure 2、解决方法 yum install gcc gcc-c++ zlib zlib-devel openssl openssl-devel libtool -y 参考：https://www.cnblogs.com/clicli/p 阅读全文
posted @ 2020-09-18 16:26
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