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pindel官网：http://gmt.genome.wustl.edu/packages/pindel/ 001、基本用法 pindel -i simulated_config.txt -f simulated_reference.fa -o xxxxx -c ALL 其中 -i参数用于指定配置文 阅读全文
posted @ 2022-09-25 22:29
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。。。 阅读全文
posted @ 2022-09-23 15:37
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samtools view -bS test.sam > test.bam samtools view -b -S test.sam -o test.bam # 自定义线程数 samtools view -@ 50 -bS test.sam >test.bam 来源：https://blog.csd 阅读全文
posted @ 2022-09-23 08:28
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001、 (base) [root@PC1 test]# ls a.txt (base) [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 1 2 3 1 2 3 ## 将相同的序列转换为行 (base) [root@PC1 test]# awk '{if(NR % 阅读全文
posted @ 2022-09-22 11:57
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001、脚本模板 #!/bin/bash #SBATCH -J TEST_NAME # 本次作业的名称 #SBATCH -p xhacnormala # 指定作业队列名 #SBATCH -o %j.result # %j将被作业号替代 #SBATCH -e %j.error # 错误日志输出 #SB 阅读全文
posted @ 2022-09-22 11:38
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001、 (base) [root@PC1 test]# seq 3 > a.txt (base) [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 (base) [root@PC1 test]# echo >> a.txt ## 末尾追加一个空行 (base) [r 阅读全文
posted @ 2022-09-22 09:52
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001、basename命令可以获取末尾文件名和末尾目录名 (base) [root@PC1 home]# basename test2/a.txt a.txt (base) [root@PC1 home]# basename test2/dir01/ dir01 002、去除文件名后缀 (base 阅读全文
posted @ 2022-09-22 09:44
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001、 (base) [root@PC1 home]# date +%s 1663810406 (base) [root@PC1 home]# date +%s 1663810410 date +%s //从 1970 年 1 月 1 日 00:00:00 UTC 到目前为止的秒数（时间戳） 参考 阅读全文
posted @ 2022-09-22 09:34
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001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ whoami liujiaxin01 ## 非root用户 002、 将bash脚本中注释行后面的颜色设置为亮绿色 [liujiaxin01@PC1 ~]$ echo "highlight Comment ctermfg=green guifg=g 阅读全文
posted @ 2022-09-21 16:42
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001、 文件名称 dog.slurm #!/bin/bash #SBATCH --job-name=dog # 本次作业的名称 #SBATCH -p xhacnormala # 等价于--partition，指定作业队列名 #SBATCH --output=%j.out # “%j”将被作业号替代 阅读全文
posted @ 2022-09-21 15:50
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