小鲨鱼2018

2022年10月29日

摘要： 001、 gatk CombineGVCFs -R GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna --variant SRR21814498.g.vcf --variant SRR21814509.g.vcf --variant SRR21814514.g.vcf -O 阅读全文

posted @ 2022-10-29 01:23 小鲨鱼2018 阅读(6106) 评论(0) 推荐(0)

linux 中如何在指定行后面插入内容

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 [root@pc1 test]# sed '3a xx' a.txt ## 在第3行后面插入内容 1 2 3 xx 4 5 6 阅读全文

posted @ 2022-10-29 01:19 小鲨鱼2018 阅读(279) 评论(0) 推荐(0)

python 中统计文件的行数

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt test.py [root@pc1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 [root@pc1 test]# cat test.py #!/usr/bin/python in_file = open("a.txt", "r" 阅读全文

posted @ 2022-10-29 00:40 小鲨鱼2018 阅读(67) 评论(0) 推荐(0)

2022年10月28日

python 中实现向列表的最后一位或者最后两位之前插入元素

摘要： 001、 >>> list1 ## 测试列表 [1, 2, 3, 4, 5] >>> list1.insert(-1,"xxx") ## 在列表最后以为之前插入数据 >>> list1 [1, 2, 3, 4, 'xxx', 5] >>> list1.insert(-2,"kkk") ## 在列表最阅读全文

posted @ 2022-10-28 18:24 小鲨鱼2018 阅读(123) 评论(0) 推荐(0)

linux 中查找过去一段时间内被修改过的文件

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt b.txt c.txt [root@pc1 test]# ll -h ## 测试文件 total 4.0K -rw-r--r--. 1 root root 0 Oct 28 16:36 a.txt -rw-r--r--. 1 root r 阅读全文

posted @ 2022-10-28 16:43 小鲨鱼2018 阅读(114) 评论(0) 推荐(0)

linux 中find命令忽略大小写进行查找

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt A.TXT b.txt B.TXT [root@pc1 test]# find ./ -name "a.txt" ## 查找a.txt ./a.txt [root@pc1 test]# ls a.txt A.TXT b.txt B.TXT 阅读全文

posted @ 2022-10-28 16:32 小鲨鱼2018 阅读(313) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 find命令实现按照多个条件查找文件

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt b.txt c.txt d.txt e.txt m.map n.map x.csv y.csv [root@pc1 test]# find ./ -name "*.map" ## 查找当前目录中所有的map文件 ./m.map ./n.m 阅读全文

posted @ 2022-10-28 16:26 小鲨鱼2018 阅读(812) 评论(0) 推荐(0)

linux 中实现将指定目录中的所有文件从大到小或者从小到大排列

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls ## 测试文件 a.txt b.txt c.txt d.txt e.txt [root@pc1 test]# ll -h total 250M -rw-r--r--. 1 root root 100M Oct 28 16:06 a.txt -rw-r 阅读全文

posted @ 2022-10-28 16:15 小鲨鱼2018 阅读(178) 评论(0) 推荐(0)

2022年10月27日

python 脚本统计fasta文件每条scaffold的碱基长度

摘要： 001、 [root@pc1 test]# cat a.fa >chr1 aatt cc >chr2 ttgg ccgg >chr3 aa [root@pc1 test]# cat test.py #!/usr/bin/python in_file = open("a.fa", "r") dict1 阅读全文

posted @ 2022-10-27 23:22 小鲨鱼2018 阅读(56) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 shell 统计每条scaffold的长度

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.fa [root@pc1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aatt cc >chr2 ttgg ccgg >chr3 aa [root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^>/) {prin 阅读全文

posted @ 2022-10-27 23:11 小鲨鱼2018 阅读(56) 评论(0) 推荐(0)

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