计算之道

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2021年10月22日

摘要: 问题描述: 连接到Linux时就会在连接完成的瞬间出现连接已断开,我的Linux发行版是Ubuntu18.04 解决: 这个问题出现的原因是向日葵不支持Ubuntu的原始桌面显示管理器GDM,需要更换掉原始桌面显示管理器,换上LightDM: 首先安装lightdm:sudo apt install 阅读全文
posted @ 2021-10-22 12:19 计算之道 阅读(836) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要: 默认的Ubuntu 18.04系统在登陆界面上是不支持root用户直接登录的,但是你可以使用下面的方法让Ubuntu 18.04也支持root登录,其他类似的版本参考在Ubuntu Kylin 18.10系统中使用root用户登陆的方法。通常情况下,在Ubuntu 18.04中的普通用户只能通过运行 阅读全文
posted @ 2021-10-22 11:16 计算之道 阅读(303) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年7月11日

摘要: 将不同的文件分配到不同文件夹 阅读全文
posted @ 2021-07-11 20:44 计算之道 阅读(18) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年6月5日

摘要: 一、The information contained in different file types 红色标记表示与LEaP无关的信息 二、How Does LEaP Work? 阅读全文
posted @ 2021-06-05 22:37 计算之道 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年6月1日

摘要: 1 Building Systems 1.1 用pdb4amber准备PDB文件 学习结果: 了解Amber基本信息流中的步骤 了解pdb4amber命令的基本语法 介绍:pdb4amber -h 基本用法:pdb4amber -i pdbin.pdb -o pdbout.pdb [-options 阅读全文
posted @ 2021-06-01 00:13 计算之道 阅读(83) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年5月30日

摘要: 方法一:保存基态最小点结构,然后进行激发态计算 首先进行基态opt(不加激发态关键词即可),然后将log文件导入Gaussian view,保存最终结构,然后使用该结构进行激发态结构优化 方法二:两次计算写到一个输入文件;使用“--link1--”参数,顺次计算 %nproc=56%mem=20GB 阅读全文
posted @ 2021-05-30 14:49 计算之道 阅读(733) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年1月13日

摘要: CONVERT 1,将图片转为MP4时报错 使用convert命令将图片转为MP4的时候(convert -delay 8 -loop 30 *jpg ./test.mp4),有时候会发生下面的报错:convert: delegate failed `"ffmpeg" -v -1 -i "%F%%d 阅读全文
posted @ 2021-01-13 20:30 计算之道 阅读(79) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年1月7日

摘要: 这两天学院非要搞拨号上网,由于我只有一个学号,导致主机和虚拟机只能有一个拨号上网;或者是主机拨号,虚拟机使用NAT(网络地址转换)联网,不过这样的话虚拟机就无法设置静态ip,以至于无法连接打印机。不过幸好发现我之前的学号还能使用,所以最终的解决方案是:主机使用一个学号拨号上网;虚拟机网络使用桥接,然 阅读全文
posted @ 2021-01-07 09:56 计算之道 阅读(400) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年12月20日

摘要: 本来觉得挺简单一操作,谁知道竟还是浪费了些时间在这(被gaussian09坑了),遂记录一下。 拟合RESP电荷目前知道的方法有使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷,以及Multiwfn拟合RESP电荷(很简单也很方便,参考Sob大神写的http://sobereva.com 阅读全文
posted @ 2020-12-20 12:58 计算之道 阅读(1457) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年11月26日

摘要: 说来惭愧,这两个玩意儿用了几年了,闭着眼睛竟然写不出来公式,忙了几天现在抽出时间了,闭着眼睛写一下。 RMSD,Root Mean Square Deviation,均方根偏差;RMSF,Root Mean Square Fluctuation,均方根波动。 在轨迹分析中,最经常用,最简单,也最有用 阅读全文
posted @ 2020-11-26 15:56 计算之道 阅读(2737) 评论(0) 推荐(0) 编辑