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随笔分类 -  Molecular Simulation / 生物信息学&化学

摘要:判断一个化合物有无芳香性,可使用Huckel规则:闭合单环平面共轭多烯(轮稀)的π电子数 为4n+2(n=0,1,2,3…)个,该环系就具有芳香性;若电子数4n(n=0,1,2,3…)个,则具有反芳香性。 酮类化合物本身结构看似不符合Huckel规则,但其共振式可能符合。但共振式中一定要让负电荷位于 阅读全文
posted @ 2022-11-16 10:23 计算之道 阅读(2083) 评论(0) 推荐(0)

摘要:生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图:ESPript, Jalview 蛋白质家族搜索:Tigr,pfam 引物设计的质量:MF 阅读全文
posted @ 2021-12-21 09:47 计算之道 阅读(833) 评论(0) 推荐(0)

摘要:首先应该注意区分序列相似性与序列同源性的关系,序列相似不一定同源,但是判定同源性关系的时候有些算法(Maximum likelihood除外)要考虑到序列相似性。序列相似性是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知序列是什么,完成这一工作只需 阅读全文
posted @ 2019-07-12 22:18 计算之道 阅读(21196) 评论(0) 推荐(0)