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一个坑：pybedtools 使用和不用saveas 会导致结果不同，有时saveas 或 count 就会清空数据。 It looks like filter function doesn't return a BedTool object ready to use. a = pybedtools 阅读全文
posted @ 2023-02-03 10:15
emanlee
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读写bin文件 ndarray.tofile(fid, sep="", format="%s") 将数组作为txt或bin(默认)写入文件, 不保存数组形状和元素类型 fid: 文件对象/文件名 sep: 分隔符 format: 格式化字符串 ndarray.fromfile(file, dtype 阅读全文
posted @ 2023-02-02 23:21
emanlee
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Linux快速搭建tensorflow-gpu 1.15.0环境&Keras conda create -n tf115 -c conda-forge tensorflow-gpu=1.15 conda install keras==2.3.1 激活虚拟环境tf115 之后做以下操作： conda 阅读全文
posted @ 2023-02-02 22:41
emanlee
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摘要：
nvcc -V 的cuda，显卡驱动，TensorFlow 2.2， py3.8； 好像和cuDNN无关？ 可以用接近版本，比如10.1和10.0可以兼容。 tensorflow-gpu无法调用GPU的解决办法 # nvcc -Vnvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driv 阅读全文
posted @ 2023-02-02 22:36
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conda install cudatoolkit=10.0 conda install cudnn=7.3.1 pip3 install tensorflow-gpu==1.15 conda create -n tensorflow1.15 python=3.7 conda activate te 阅读全文
posted @ 2023-02-02 22:31
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REF https://matplotlib.org/stable/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.boxplot.html https://matplotlib.org/stable/gallery/statistics/boxplot_demo.html https: 阅读全文
posted @ 2023-02-02 20:30
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ndarray的合并 定义要使用的数据源 a = np.array([1, 1, 1]) b = np.array([2, 2, 2]) print('a', a) print('b', b) <class 'numpy.ndarray'> a [1 1 1] b [2 2 2] numpy.vst 阅读全文
posted @ 2023-02-02 20:21
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time库是python中处理时间的标准库。 计算机时间的表达：time()、ctime()、gmtime(); 提供获取系统时间并格式化输出功能: strftime()、strptime() 提供系统级精确计时功能可用于程序性能分析: sleep()、perf_counter() 时间获取 tim 阅读全文
posted @ 2023-02-02 15:36
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wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gztar xzvf v2.25.0 cd bedtools2-2.25.0/makecd bin/export PATH=$PWD:$PATH REF https://www.c 阅读全文
posted @ 2023-02-01 21:57
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REF https://daler.github.io/pybedtools/search.html?q=cat 示例数据： # more /python3.8/site-packages/pybedtools/test/data/a.bedchr1 1 100 feature1 0 +chr1 1 阅读全文
posted @ 2023-02-01 20:03
emanlee
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