emanlee - 博客园

2021年6月27日

摘要：单细胞测序的挑战与传统的“bulk” RNA-seq不同，单细胞RNA-seq的主要区别在于一个测序文库代表一个细胞，而不是大量的细胞（Drop-seq例外，其利用细胞UMI和分子UMI将大量细胞建成一个文库）。因此，须加倍关注单细胞测序文库之间的不同。文库间的差异性主要体现在：扩增效率（Amp 阅读全文

posted @ 2021-06-27 09:20 emanlee 阅读(756) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月26日

单细胞测序 UMI 10X Barcode

摘要：为了减少由于扩增引起的误差，人们在一些单细胞测序的步骤中增加了 UMI（unique molecular identifiers），UMIs 是由 4-10 个随机核苷酸组成的序列，在 mRNA 反转录后，进入到文库中，每一个 mRNA，随机连上一个 UMI，因此可以计数不同的 UMI，最终计数 m 阅读全文

posted @ 2021-06-26 08:53 emanlee 阅读(19237) 评论(0) 推荐(2)

2021年6月25日

单细胞测序之质控分析（QC 质量控制）

摘要：单细胞测序之质控分析（QC）为什么要做质控？在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败（无效的逆转录或者PCR扩增失败），往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是（以下一行表示一个基因，一列表示一个细胞）：细胞整体上的counts值少（从列的角度看，一列数据的总和偏小）基因的低阅读全文

posted @ 2021-06-25 19:31 emanlee 阅读(4747) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月23日

invalid class “Graph” object: superclass "Mnumeric" not defined

摘要： > scRNA <- FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) Computing nearest neighbor graph Computing SNN Error in validObject(.Object) : invalid class “Graph” ob 阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:36 emanlee 阅读(1207) 评论(0) 推荐(0)

object ‘markvario’ is not exported by 'namespace:spatstat'

摘要： > library("Seurat")Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’: object ‘markvario’ is not exported by 'namespace:spatstat'In addition: Warnin 阅读全文

posted @ 2021-06-23 20:21 emanlee 阅读(1382) 评论(0) 推荐(0)

R包安装错误：Warning in system("sh ./configure.win") : 'sh' not found

摘要： install.packages("installr") # Rtools install.packages('stringi', type = "binary") install.packages('rsvd', type = "binary") spatstat (2.1-0 -> 2.2-0 阅读全文

posted @ 2021-06-23 20:01 emanlee 阅读(1258) 评论(0) 推荐(0)

R包安装错误：install.packages('stringi')

摘要： installing via 'install.libs.R' to C:/Program Files/R/R-3.6.0/library/00LOCK-stringi/00new/stringi downloading the ICU data library (icudt) output pat 阅读全文

posted @ 2021-06-23 19:46 emanlee 阅读(2102) 评论(0) 推荐(0)

R包安装错误：安装Seurat包

摘要：安装Seurat包安装Seurat包 install.packages('Seurat', type = "binary") install.packages('Seurat') library('Seurat') packageVersion("Seurat") 相关包下载 install.pa 阅读全文

posted @ 2021-06-23 09:06 emanlee 阅读(17201) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月22日

R语言中括号[1]与双中括号[[1]]的差异?

摘要： # 获取操作符[[的帮助 ?`[[` 相同点：两者作用都是“提取”，当从一个向量或矩阵中提取第3个元素时，两者结果相同！ > aaa<-c(1,2,3,4,5) > aaa[3] [1] 3 > aaa[[3]] [1] 3 不同点：当数据不是一个list时，情况就不同了。 [] extract 阅读全文

posted @ 2021-06-22 22:19 emanlee 阅读(4484) 评论(0) 推荐(0)

BiocManager::install("stringi",ask = F,update = F)

摘要： > BiocManager::install("stringi",ask = F,update = F) 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details 阅读全文

posted @ 2021-06-22 20:00 emanlee 阅读(593) 评论(0) 推荐(0)