emanlee - 博客园

2021年6月30日

[2020单细胞专题]_第五讲_分析篇—单细胞测序分析策略与结果展示 2

摘要： https://www.bilibili.com/video/BV1s741117Sk 分离细胞：导致细胞活性下降 beads捕获mRNA效率不同逆转录和扩增：偏好每个细胞内线粒体基因的比例（含量）<10% 每个细胞中基因检测（表达）的数量(2000-4000)？？？每个细胞中RNA 的cou 阅读全文

posted @ 2021-06-30 22:37 emanlee 阅读(595) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序常见问题解答

摘要： Q1、10X单细胞测序可以研究什么RNA？ 10X单细胞测序利用polyT标记polyA，因此含有polyA的mRNA可以通过10X单细胞测序方法进行研究，包括真核生物的mRNA，部分lncRNA，以及有polyA的部分病毒的RNA。不含有polyA的RNA，如miRNA，circRNA、原核生物的阅读全文

posted @ 2021-06-30 17:28 emanlee 阅读(1230) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序 10x genomics

摘要：单细胞转录组从研究方向看上，发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向，这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外，作为一个新兴的领域，10X 单细胞转录组检测到细胞多，数据庞大，信息复杂，对数据分析带来诸多困难，因此算法类的文章（Computational method）也高达76篇。阅读全文

posted @ 2021-06-30 17:14 emanlee 阅读(2195) 评论(0) 推荐(0)

单细胞核测序技术

摘要：在有些情况下，细胞是很难完整分离的，比如长期保存的组织，或者大脑细胞和脂肪细胞。在分离细胞时所用的酶和破坏力往往会影响其他细胞区室的内容。此时，单核RNA测序就显得特别重要。细胞核转录组是否代表了整个细胞的转录组，以及在snRNA-seq中发现的基因是否或多或少与特定研究相关。一些比较单细胞RNA 阅读全文

posted @ 2021-06-30 12:47 emanlee 阅读(1989) 评论(0) 推荐(0)

单细胞转录组测序技术原理

摘要： From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 单细胞测序主要涉及单细胞基因组测序和转录组测序两个方面，分别针对单细胞DNA及RNA进行序列分析和比较。单细胞测序一直是科学家关注的一个热点。单细胞基因组测序目前主要有两种扩增方法：MAL 阅读全文

posted @ 2021-06-30 09:19 emanlee 阅读(4038) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月27日

空间转录组概述2

摘要：来自https://spatialtranscriptomics.com/workflow/ 1. Histology 将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。 2 阅读全文

posted @ 2021-06-27 23:27 emanlee 阅读(1528) 评论(0) 推荐(0)

空间转录组测序概述

摘要：空间转录组测序概述在多细胞生物中，单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生，即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材，使用单细胞转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。常规转录组测序和单细胞转录组测序都难以阅读全文

posted @ 2021-06-27 20:36 emanlee 阅读(8181) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序缺失值填充 imputation

摘要：单细胞测序缺失值填充技术数据校正的另一种类型是缺失值填充（也称为降噪或插补, denoising or imputation）。单细胞转录组的数据包含各种噪声。这种噪音的一个特别突出的来源是dropout。推断dropouts事件，用推断出的合适的表达值替换这些零以减少数据集中的噪声成为几种最新工阅读全文

posted @ 2021-06-27 18:04 emanlee 阅读(1443) 评论(0) 推荐(1)

单细胞测序 Trajectory analysis 轨迹推断

摘要：单细胞测序 Trajectory analysis 轨迹推断细胞多样性不能通过离散的分类系统（例如细胞聚类）充分描述。观察到的细胞异质性发展的生物进程是一个连续过程（Tanay＆Regev，2017）。因此，为了捕获细胞身份之间的过渡状态、不同的分化分支或生物学功能的渐进式非同步变化，我们需要动态的阅读全文

posted @ 2021-06-27 17:59 emanlee 阅读(3617) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序基因调控网络 Gene regulatory networks

摘要：单细胞测序基因调控网络 Gene regulatory networks基因不是独立发挥作用的。相反，基因的表达水平是由与其他基因和小分子之间的复杂调控决定的。揭示这些调控作用是基因调控网络（GRN）推断方法的目标（SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型）。基因调控网络推断是基阅读全文

posted @ 2021-06-27 17:48 emanlee 阅读(824) 评论(0) 推荐(0)