摘要： 安装Seurat包 安装Seurat包 install.packages('Seurat', type = "binary") install.packages('Seurat') library('Seurat') packageVersion("Seurat") 相关包下载 install.pa 阅读全文

摘要： # 获取操作符[[的帮助 ?`[[` 相同点： 两者作用都是“提取”，当从一个向量或矩阵中提取第3个元素时，两者结果相同！ > aaa<-c(1,2,3,4,5) > aaa[3] [1] 3 > aaa[[3]] [1] 3 不同点： 当数据不是一个list时，情况就不同了。 [] extract 阅读全文

摘要： > BiocManager::install("stringi",ask = F,update = F) 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details 阅读全文

摘要： There are binary versions available but the source versions are later: binary source needs_compilation xfun 0.22 0.24 TRUE tinytex 0.31 0.32 FALSE rma 阅读全文

摘要： dim(t1) attributes(t1) #综合输出所有行名、列名、以及class结果。 str(t1) #显示每个变量的行列数和类型 class(t1) #查看变量类型，vector、data.frame、matrix、factor、listmode(t1) #查看数据大类，character 阅读全文

摘要： In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos, : installation of package ‘tinytex’ had non-zero exit status Error in loadNames 阅读全文

摘要： install.packages('FactoMineR') install.packages('factoextra') library("FactoMineR") library("factoextra") 阅读全文

摘要： pheatmap实际上是 Pretty Heatmaps 的缩写，简单地来说，一个可以傻瓜式绘制聚类热图的R包。常用参数介绍基础设置main 图的名字file 要保存图的名字color 表示颜色，赋值渐变颜色调色板colorRampPalette属性，选择“绿，黑，红”渐变，分为100个等级,，例： 阅读全文

摘要： edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据，每行对应一个基因，每一列对应一个样本。 安装edgeR 先启动R，然后运行下面代码：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE 阅读全文

摘要： RNA的表达水平矩阵稀疏 把reads比对到基因组，然后计算比对到基因上的read count。发现表达矩阵十分稀疏。 RNA的表达水平填补问题： 相对于bulk转录组测序，单细胞测序具有更高的噪声水平。 单细胞测序时，有些基因表达量较低而无法完全被检测到，这种由技术造成的检测基因表达数据不真实的情 阅读全文