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GWAS分析基本流程及分析思路

橙子牛奶糖 2018-12-17 10:02 阅读:41028 评论:9 推荐:4

vcftools报错：Writing PLINK PED and MAP files ... Error: Could not open temporary file.解决方案

橙子牛奶糖 2018-08-27 22:21 阅读:3897 评论:3 推荐:1

使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

橙子牛奶糖 2018-07-25 22:49 阅读:4331 评论:0 推荐:0

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态

橙子牛奶糖 2018-07-08 14:31 阅读:2772 评论:0 推荐:0

bcftools 或 gatk 或 vcf-merge 或 plink 合并vcf文件

橙子牛奶糖 2018-07-06 15:10 阅读:5734 评论:5 推荐:2

利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

橙子牛奶糖 2018-06-20 16:38 阅读:6575 评论:0 推荐:0

plink: 等位型计数（allele count）

橙子牛奶糖 2018-05-21 21:45 阅读:2067 评论:0 推荐:0

plink:ped格式转换为bed格式

橙子牛奶糖 2018-05-06 17:19 阅读:4156 评论:0 推荐:0

plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）

橙子牛奶糖 2018-05-04 16:47 阅读:19207 评论:0 推荐:1

GWAS研究可利用的数据库（20211008更新）

橙子牛奶糖 2018-04-28 20:03 阅读:24389 评论:1 推荐:2

文献笔记：Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease

橙子牛奶糖 2018-04-28 19:27 阅读:987 评论:0 推荐:1

plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）

橙子牛奶糖 2018-03-15 16:17 阅读:9369 评论:0 推荐:4

使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数（Fixation index，FST）

橙子牛奶糖 2018-03-15 11:22 阅读:9535 评论:5 推荐:1

SNP (Single Nucleotide Polymorphism), SNV ( single nucleotide variants ) , Indel (insertion-deletion) 的区别

橙子牛奶糖 2017-09-28 23:52 阅读:3099 评论:0 推荐:0

利用GCTA工具计算复杂性状/特征（Complex Trait）的遗传相关性（genetic correlation）

橙子牛奶糖 2016-12-25 16:05 阅读:8988 评论:44 推荐:5

全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study，GWAS）流程

橙子牛奶糖 2016-11-23 21:47 阅读:24174 评论:7 推荐:3