2020年4月7日

基因注释

摘要： 注释过程：这一步一般都需要手动去鉴定和校正，当然也可以利用一些软件来校正，运用这类过程的 软件 JIGSAW、 EVidenceModeler (EVM)和 GLEAN (以及后续软件 Evigan) 。 通过估计每一个来源的基因证据误差的类型和频率, 进而选择误差最小的结果 maker 在基因组注 阅读全文

posted @ 2020-04-07 11:25 BPSO_mynotes 阅读(2161) 评论(0) 推荐(1)

GenomeScope评估基因组大小和杂合度

摘要： 在测序一个新物种时，首先需要对该物种的基因组结构有所了解，包括以下几个内容： 基因组大小 重复片段大小 杂合度大小 基因组越大，杂合度也大，重复片段越大，该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析，对以上几个指标进行简单评估，核心就是通过kme 分布来进行评估。 对于不同 阅读全文

posted @ 2020-04-07 10:20 BPSO_mynotes 阅读(13779) 评论(0) 推荐(0)

Augustus 进行基因注释

摘要： 目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。 安装 具体 阅读全文

posted @ 2020-04-07 09:04 BPSO_mynotes 阅读(2218) 评论(0) 推荐(0)

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