Yuan-SW-F(abysw) - 博客园

【集群使用注意事项】

摘要：集群管理做了这么多年，用户一年比一年难带。集群不是私人电脑，死机了重启就行。除非天赋异禀的人，在使用集群的时候需要遵循以下注意事项。 1. 新用户需要在老用户的指导下，实习1-3个月，方能独立使用集群。 2. 新用户在提交任务后，需持续监控半个小时以上，并在之后每3-5小时人工检测一次。 3. 阅读全文

posted @ 2021-12-22 12:02 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(195) 评论(0) 推荐(0)

【三代组装】获得ccs数据

摘要：我获得了subreads，想自己做一点东西，发现没什么人讲。下载下来之后，说明文档贴上，似乎也不用我说什么了。 $ smrtlink/smrtcmds/bin/ccs -h ccs - Generate circular consensus sequences (ccs) from subread 阅读全文

posted @ 2021-12-21 17:22 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(723) 评论(0) 推荐(0)

【躺坑日记】Trinity安装和R冲突

摘要：其实以前也遇到过这个问题，后来忘了。本来我安装好了R。最近由于分析需要安装了Trinity。然后R不见了，也不是不见了，是R被Trinity替换成他的了 ../opt/trinity-2.1.1/util/R 当然，印象中这样的话R是完全不能用的，只能重新安装。但是，安装似乎很困难，因为卸载阅读全文

posted @ 2021-12-17 17:36 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(275) 评论(0) 推荐(0)

【图形转换软件】linux 软件安装命令集锦

摘要：图形转换软件 yum install ImageMagick ImageMagick-devel 阅读全文

posted @ 2021-12-07 23:38 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(67) 评论(0) 推荐(0)

【国产服务器下载链接】

摘要：银河麒麟高级服务器操作系统V10 鲲鹏版下载地址：https://pan.baidu.com/s/1GOLao-6WmGqUkCXf1CA6qg 提取码：1vt8复制提取码银河麒麟桌面操作系统V10 intel版下载地址：https://pan.baidu.com/s/1LbHBcrdnB64 阅读全文

posted @ 2021-12-03 11:43 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(309) 评论(0) 推荐(0)

【HiFi】CCS数据组装

摘要： 2021年最后一个月了，里了无数flag，最后还是一事无成。割都2022年了，没时间伤感，还想和2021年一样吗？ cut CCS数据组装： 1. 安装组装软件 conda install -c bioconda hifiasm 2. 数据格式转换 samtools fastq *.bam *. 阅读全文

posted @ 2021-12-03 11:40 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(1047) 评论(0) 推荐(0)

【建树】贝叶斯建树

摘要：用了一下beast，一步一步的，感觉有点麻烦（用惯了linux，点点点的感觉较为复杂）。于是又想到了最开始用的mybayes，当时还不会用集群，这个软件是我接触的第一个命令行了（当然，cmd改MAC码不能算）。 mybayes肯定是linux版本的。 MrBayes | download (nbi 阅读全文

posted @ 2021-11-17 20:08 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(1457) 评论(0) 推荐(0)

【立贴】开始学C

摘要：犹豫了很久，准备写C。其实很久以前有写过，后来因为项目太紧，所以用perl和python去做。最近准备把C捡起来，但是看了计算机原理之后，又将这个事忘了。为什么选C，而不是C++，我找了很多别人的评价，有一个人的评论就很不错。 C是中国菜刀，一把刀做任何菜； C++是外国菜刀，一个菜一把刀；阅读全文

posted @ 2021-09-17 20:12 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(85) 评论(0) 推荐(0)

【软件安装】treepl的安装

摘要：我这里用的是brew安装的（为什么没用另一种办法，因为没走通）。首先，下载原始文件，https://github.com/Homebrew/brew.git 由于网络问题，我下载的是zip文件，下载后解压。 unzip brew-master.zip 解压完成后，配置环境（注意：brew要求使用用阅读全文

posted @ 2021-09-13 17:03 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(1499) 评论(0) 推荐(0)

【安装】软件安装的一些事项

摘要：在做项目的实际操作过程中，由于种种限制和考量，我们并不经常使用root权限去安装我们想用的软件（除非特殊的依赖库）。 ++++++++++++++++废话+++++++++++ 计算机从原理上来说，遵从万物皆文本原则。生物信息软件从操作来说，遵从万物皆conda。上面的话不用翻译，就是一个解题思阅读全文

posted @ 2021-09-07 11:21 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(278) 评论(0) 推荐(0)