【建树】贝叶斯建树

用了一下beast，一步一步的，感觉有点麻烦（用惯了linux，点点点的感觉较为复杂）。

于是又想到了最开始用的mybayes，当时还不会用集群，这个软件是我接触的第一个命令行了（当然，cmd改MAC码不能算）。

 

mybayes肯定是linux版本的。

MrBayes | download (nbisweden.github.io)

 

 

 

 正常编译即可：

$ ./configure --prefix=/abyss/app/MrBayes-3.2.7a

$ make

$ make install

export PATH=/abyss/app/MrBayes-3.2.7a/bin:$PATH

 

写一个脚本将格式转换为nex，并添加mrbayes参数：

 

 构建系统发育树：贝叶斯法建树 - 简书 (ibcas.ac.cn)

可以参考上面的一些信息，我在15年也写了一些参数选择的事项，有些类似，不过主要用mega做的。

还有一个当年下载的碱基替换参数NST模型（稍有整理），类似于上面这个博客说的，文件有点长，略。

1: JC F81;

 

2: k80 HKY;

6: TrNef TrN K81 K81uf TIMef TIM TVMef SYM GTR;

 Releases · ddarriba/jmodeltest2 · GitHub (ibcas.ac.cn)

 

上面是一个可以用的jmodeltest版本，我后期也会将自己整理的软件上传到git上。

 

似乎没有什么特别需要说明的东西了，我先试试。

 

以上，

abysw