Yuan-SW-F(abysw) - 博客园

服务器搭建-局域网服务器搭建（集群搭建）

摘要：写在前面：本文以PC主机为物理基础，搭建了一个可以在局域网内访问的集群。（想看最简洁版本的请移步公众号）现在很多人都有一个台式机和一个笔记本，不才也配置了一个普通版的主机，并将存储升到了7T，内存24G。用惯了集群，于是想在台式机上搭建一个linux服务器环境，方便自己的笔记本也在上面进行分析（阅读全文

posted @ 2020-12-10 20:48 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(4933) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生物信息分析命令行-一些简单却易忘的小命令

摘要： 1. 运行任务放后台，暂停任务放前台（任务在本地运行，由于需要关电脑，所以需要放到后台运行）： ctrl+z #暂停 bg #将暂停任务后台运行 fg # 后台暂停的任务调前台 2. 利用root权限添加新的账号。 useradd -d /home/new new # 添加账号 passwd new 阅读全文

posted @ 2020-12-08 21:10 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(185) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生信软件的安装和使用-jbrowser 基因组浏览器的搭建

摘要：本文为尝试性安装试验，预计耗时30分钟。怕有什么不靠谱的，先不看别人的博客，直接看GitHub。 $ git clone https://github.com/GMOD/jbrowse.git 官网写得太明白了，似乎不需要我说什么了： https://jbrowse.org/docs/instal 阅读全文

posted @ 2020-12-02 21:41 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(813) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生信分析-windows-blast序列比对

摘要：这是一个尝试性的文章，能不能解决我要解决的问题，并不清楚。本文利用NCBI的blast界面，实现将短序列比对上reference基因组，并实现变异位点可视化。补言比对常用的是NCBI网站，打开NCBI。（百度谷歌直接搜索NCBI，现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心，一个是位于深圳的国家阅读全文

posted @ 2020-12-02 18:28 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(809) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生信软件的安装和使用—— 建树前非保守序列的过滤

摘要：所有的事情，都是问题导向的，这里遇到的问题，便是怎么将多序列比对进行有效的过滤。我们关注到了一个软件，bmge，这是一个不算很老的软件，怎么说呢，引用量还可以，文中对当前比较热的几个软件之间进行了对比，包括Gblocks，trimAI，和Noisy。文章标题如下： BMGE (Block Ma 阅读全文

posted @ 2020-11-30 19:43 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(1147) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何用命令行（Linux系统），将本地脚本上传github

摘要： 1. 申请github账号，在账号中新建仓库：创建。很简单，就是在本地需要上传的文件夹，运行上述命令：然后刷新github页面：那么新增文件怎么上传呢？然后刷新：很简单，将所有命令复制如下： $ mkdir test[root@Yuan-SW-F 2020-11-18 10:42 /Yu 阅读全文

posted @ 2020-11-18 11:21 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(477) 评论(0) 推荐(0) 编辑

MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新

摘要：经过几轮调试和修改，共线性图终于可以上眼了。如下：图中红色的为目标基因，蓝色的为reference species目标基因周围15个基因，天蓝色为再往外15个基因，黄色为与reference species存在的共线性，灰色为相邻物种间的共线性。标注有物种信息，scaffold信息，并用颜色加以阅读全文

posted @ 2020-11-17 11:56 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(1045) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【通知】生信分析实践性内容将陆续在公众号更新

摘要：通知：近期公众号更新的内容包括：生信分析环境的搭建和配置； Python2的安装和使用； perl 的安装和使用； python与perl的区别； R作图； python画图；各常用生信软件的安装和调试。所有的内容均为实时更新，由问题导向或兴趣导向。本博客今后主要对不太成熟的问题（探索性问阅读全文

posted @ 2020-11-08 11:34 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(173) 评论(0) 推荐(0) 编辑

共线性分析-MCscan - python （jcvi）

摘要：本来是不会再写这个文档的，但是由于长时间没有用这个模块，这个模块不知道是我自己弄掉了，还是别的同学误删了，于是我重新安装一下。首先下载conda，并下载好python which pip 直接安装注意： 1. 请下载conda3版本，本模块由python3支持； 2. home目录和电脑C盘一样阅读全文

posted @ 2020-11-03 18:22 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(1756) 评论(0) 推荐(0) 编辑

关于主场的自信力

摘要：这是看了一个my English is poor话题的视频之后，引发了一些思考。这是关于不自信的思考，就像刚开始做博客一样，不过现在虽然访问量似乎还是少，但是前几篇文章的访问量总和已经上千了，颇为欣慰。听说鲁迅他们的文章陆续被从课文中移出了，我很是不解，他们提出的问题到现在依然没有解决，为什么不阅读全文

posted @ 2020-11-03 11:10 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(145) 评论(1) 推荐(0) 编辑