【安装】软件安装的一些事项

在做项目的实际操作过程中，由于种种限制和考量，我们并不经常使用root权限去安装我们想用的软件（除非特殊的依赖库）。

 

 

++++++++++++++++废话+++++++++++

计算机从原理上来说，遵从万物皆文本原则。

生物信息软件从操作来说，遵从万物皆conda。

上面的话不用翻译，就是一个解题思路，无论遇到什么问题，都是文本问题。

下面的话的意思是：生物信息软件一般都有conda版本，没有的，可以稍微等等，就会有了。。。

++++++++++++++ 分 割 线 +++++++++++++

======== 一点规矩，个人习惯 =========

1. 公共集群不要在home下放太多东西，因为你的home很小。

2. 公共集群尽量不要将软件安装在home，因为其它节点或用户可能会调用出错。

3. 对于非常规软件（g++，perl，python等），尽量不要使用root权限安装。

============= 分 割 线 =============

 

一般软件安装思路：

1. 试试是否有conda版本（一个成熟一点的生信软件，都会有，没有的话看看pip）。

2. 常规软件无脑安装套路如下：

　　0）个人目录安排如下：

　　　　$abyss=/abyss # 因为我给自己创建的是根目录下的abyss文件夹，所以是这样的，用户则可以定位在自己账号的总目录下（将/abyss替换为你的总目录），或者在总目录先新建一个软件文件夹。

　　　　cd $abyss        # 所有操作都在自己的目录下操作，不要随便去home玩。网上定位在home的，要么用的自己的虚拟机（home是别人的数据盘），要么将home分得特别大（home不是数据盘的话，分大了也是浪费）。

　　　　mkdir app git soft # 新建三个文件夹，app 放编译后的软件，git放github下载的软件源文件，soft放从各软件网站下载的软件压缩源文件。

　　1）下载软件

　　　　cd $abyss/soft # 进入源文件目录

　　　　wget https://www.mpich.org/static/downloads/3.2/mpich-3.2.tar.gz # 下载源文件

　　2）解压

　　　　tar zxvf mpich-3.2.tar.gz # 解压软件到当前文件夹（github的一般是文件夹，不用解压）

　　3）编译

　　　　cd mpich-3.2 # 进入软件目录

　　　　./configure --prefix=$abyss/app/mpich-3.2 # 自定义软件安装目录到app目录下，并进行预编译

　　　　make && make install # 编译，编译完成之后，可以在$abyss/app/mpich-3.2找到需要使用的软件

　　　　export PATH=$abyss/app/mpich-3.2/bin:$PATH # 需要的时候，将新软件环境写进环境变量

3. 其他软件安装

　　依照说明进行安装即可，注意修改编译路径。

4. 库安装

　　如上，需要自行添加环境

5. 理论上，没有一款软件是需要root权限编译，或者一定要在home目录下编译的。如果有，这个软件理论上还没有优化好，或者比较小众，或者有差不多的替代品。

 

刚好，这个软件出了报错，一并调试一下：

第一个报错：

mb: error while loading shared libraries: libmpi.so.12: cannot open shared object file: No such file or directory

export LD_LIBRARY_PATH=/abyss/app/mpich-3.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH # 这个库刚安装了，加上

又有新的报错：

mb: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

这个库可以用yum解决：

yum install *gfortran*

但是这里想用非root账号解决：

找到一个网站：

 

 其实这里给出了软件路径，安装命令什么的：

 

 mkdir /abyss/soft/libgfortran # 新建库路径

wget http://mirror.centos.org/altarch/7/os/aarch64/Packages/libgfortran-4.8.5-44.el7.aarch64.rpm # 下载

rpm2cpio libgfortran-4.8.5-44.el7.aarch64.rpm |cpio -ivd # 解压

解压并加入环境后还是无法识别：

当然，conda也可以安装

 

 

 

然而还是识别不了，不知道是不是我的服务器的问题。

那就只能用root先装了，没时间捣鼓了。

yum install libgfortran

Installing : libquadmath-4.8.5-44.el7.x86_64 1/2
Installing : libgfortran-4.8.5-44.el7.x86_64 2/2

实际上，需要安装两个库。

 

以上，

abysw

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