Zarinan

2026年9月3日

摘要： 1、在南繁4090上下载TDfold安装包 cd /mnt/d/zhongyunan/software TDfold的 Zenodo 链接：https://zenodo.org/records/18454943 在自己电脑上直接下载压缩包上传南繁4090 scp "E:\Shared_by_Linu 阅读全文

posted @ 2026-09-03 17:25 Zarinan 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

根据Excel表格对文件夹内文件重命名

摘要： D:\1CAAS\Lab\songqianlin\Cas新蛋白\Cas12\cas12_lmnopq_fasta\重复项去除\对文件夹重命名.py 点击查看代码 '''能不能根据 PLV_Cas_operons_putative_protein_candidates_published_filter 阅读全文

posted @ 2026-09-03 17:23 Zarinan 阅读(4) 评论(0) 推荐(0)

序列相似度热图heatmap

摘要： 1、序列相似度矩阵 https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/ 2、R语言脚本：序列相似度热图heatmap D:\1CAAS\Lab\生物信息操作\进化树\1Cas12\Cas12O_VS_Casσ_Casj\heatmap\Cas12O_Casσ_Casj R语言脚本：阅读全文

posted @ 2026-09-03 17:23 Zarinan 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)

H100批量运行alphafold3

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posted @ 2026-09-03 15:03 Zarinan 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

2026年7月27日

烟草LTR注释

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posted @ 2026-07-27 21:09 Zarinan 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

2026年6月22日

宏基因组组装fastap+bwa+CD-hit+spades

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posted @ 2026-06-22 16:38 Zarinan 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

2026年6月16日

EDTA注释转座子

摘要： 1、安装EDTA 第一种安装（别问我也不知道为什么要这样安装） cd /mnt/d/zhongyunan/software https://github.com/oushujun/EDTA下载zip文件，直接传文件夹（服务器没有unzip） scp -r "E:\Data\RT\software\E 阅读全文

posted @ 2026-06-16 17:08 Zarinan 阅读(34) 评论(0) 推荐(0)

2026年6月15日

LTR注释

摘要： 1、安装LTR_harvest/LTR_Finder+LTR_retriever+LTR_digest 环境需要同时配置Perl、RepeatMasker、rmblast、genometools（LTR_harvest+LTR_digest）、cd-hit conda create -n ltr_e 阅读全文

posted @ 2026-06-15 17:15 Zarinan 阅读(28) 评论(0) 推荐(0)

2026年6月3日

突变氨基酸位点

摘要： D:\1CAAS\Lab\songqianlin\Cas新蛋白\Cas12\cas12_lmnopq_fasta\重复项去除\突变氨基酸.py 点击查看代码 # amino_acid_mutation.py seq = input("请输入蛋白序列：").strip().upper() pos = 阅读全文

posted @ 2026-06-03 11:26 Zarinan 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

2026年5月14日

对序列长度进行过滤

摘要： D:\1CAAS\Lab\songqianlin\Cas新蛋白\Cas12\cas12_lmnopq_fasta\重复项去除\序列长度.py 点击查看代码 #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ 功能： 1. 统计FASTA文件中序列总数阅读全文

posted @ 2026-05-14 10:59 Zarinan 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)

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