EDTA注释转座子

1、安装EDTA
第一种安装（别问我也不知道为什么要这样安装）
cd /mnt/d/zhongyunan/software
https://github.com/oushujun/EDTA下载zip文件，直接传文件夹（服务器没有unzip）
scp -r "E:\Data\RT\software\EDTA-master" rhizo@100.70.93.1:"D:\zhongyunan\software"
通过修改yml第一行指定名字name将环境名改为edta_env
nano EDTA_2.3.yml
name: EDTA_2.3.yml——name: edta_env
conda env create -f EDTA.yml
conda activate edta_env
检查
which EDTA.pl
EDTA.pl --help
测试
perl ../EDTA.pl --genome genome.fa --cds genome.cds.fa --curatedlib ../database/rice7.0.0.liban --exclude genome.exclude.bed --overwrite 1 --sensitive 1 --anno 1 --threads 4
第二种conda安装
conda create -n edta_env
conda activate edta_env
conda install -c conda-forge -c bioconda edta
which EDTA.pl
EDTA.pl --help
提示错误：RepeatMasker未安装RMblast引擎。该错误表示 RepeatMasker 未正确安装或配置。如果你通过 conda 搭配 EDTA.yml 文件安装 EDTA 后仍出现此报错，问题可能源于 RepeatMasker 配置项出现的报错：mdb_env_open: 无法分配内存，该报错常在软件为输入的 fasta 文件构建索引时出现
export BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE=100000000
但是发现还是不行，建议用第一种方法
2、使用EDTA
cd /mnt/d/zhongyunan/RT/Zea/Ensembl-Zm-B73-dna.fa/
mkdir edta1
cd edta1
EDTA.pl --genome ../Ensembl-Zm-B73-dna.fa --species maize --threads 10 --anno 1