TDfold复现

1、在南繁4090上下载TDfold安装包
cd /mnt/d/zhongyunan/software
TDfold的 Zenodo 链接：https://zenodo.org/records/18454943
在自己电脑上直接下载压缩包上传南繁4090
scp "E:\Shared_by_Linux\software\TDfold\TDfold.zip" rhizo@100.70.93.1:"D:\zhongyunan\software\"
南繁4090在Windows系统下解压文件
powershell
cd D:\zhongyunan\software
Expand-Archive -Path TDFold.zip -DestinationPath TDFold
del TDFold.zip
cd /mnt/d/zhongyunan/software/TDfold/psp3dcg-TDFold-74654ca
2、配置环境
创建环境
conda create -n tdfold_env python=3.10 -y
conda activate tdfold_env
安装PyTorch和组件
pip install torch==2.1.0+cu121 torchvision==0.16.0+cu121 torchaudio==2.1.0+cu121 --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu121
安装 pip-tools 工具包，目的是为了后续锁定所有依赖包版本
pip install pip-tools
查看当前环境中所有包含 "torch" 的已安装包及其版本
pip freeze | grep torch
python -c "import torch; print(torch.__version__)"
pip install "numpy<2"
手动安装PyG依赖包
pip install torch-scatter torch-sparse torch-cluster torch-spline-conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-2.1.0+cu121.html
pip install torch-geometric
（先不下载）安装DGL依赖包
pip install dgl==2.1.0+cu121 -f https://data.dgl.ai/wheels/cu121/repo.html
安装HuggingFace 依赖
pip install transformers==4.38.2 diffusers==0.27.2 huggingface-hub==0.20.3 tokenizers==0.15.2 accelerate==0.27.2 datasets==2.18.0 peft==0.10.0
安装一些会自动更新前面依赖包的依赖包
pip install axial-positional-embedding==0.3.12 --no-deps
pip install performer-pytorch==1.1.3 local-attention --no-deps
pip install fsspec==2024.2.0 --no-deps
pip install hyper-connections==0.2.1 --no-deps
修改TDFold_env_requirements.txt
nano TDFold_env_requirements.txt
注释transformers；diffusers；huggingface-hub；tokenizers；accelerate；datasets；peft
以及torch；torchvision；torchaudio；torch-scatter；torch-sparse；torch-cluster；torch-spline-conv；pyg-lib；torch-geometric
以及axial_positional_embedding；fsspec；local-attention；performer-pytorch；hyper-connections

安装剩下的依赖包
pip install --no-deps -r TDFold_env_requirements.txt
验证环境是否安装成功
python -c " import torch import torch_geometric print('torch:', torch.__version__) print('cuda:', torch.cuda.is_available()) print('dgl ok') print('pyg ok') "

注：
直接安装依赖包TDFold_env_requirements.txt会报错，因为里面好多的依赖包版本太老了没有办法下载或者适配
解决办法是手动安装一些依赖包和修改TDFold_env_requirements.txt