Zarinan

摘要： 1、可视化 点击查看代码 from Bio import AlignIO import os # 用户参数 alignment_file = "比对.fa" # 输入比对文件（fasta/clustal） alignment_format = "fasta" html_output = "msa_r 阅读全文

摘要： 1、下载emboss conda create -n emboss_env -c bioconda emboss -y conda activate emboss_env 2、检查needleall工具是否存在 needleall -help 3、进入序列文件夹 cd /mnt/d/1CAAS/La 阅读全文

摘要： 1、检查CPU是否虚拟化 打开任务管理器 Ctrl + Shift + Esc 点击性能，能看到CPU的虚拟化已开启 2、开启Windows功能 Win + R 输入control 打开 控制面板 → 程序 → 启用或关闭 Windows 功能 勾选 虚拟机平台和适用于Linux的Windows子系 阅读全文

摘要： 1、用snapgene进行多序列比对，导出alin文件 2、用python进行多序列比对美化 点击查看代码 from Bio import AlignIO import os # 用户参数 alignment_file = "比对.fa" # 输入比对文件（fasta/clustal） alignm 阅读全文

摘要： 1、安装NCBI Blast（cmd） 2、把我们收集的蛋白生成数据库 makeblastdb -in D:\1SoftWare\Blast\ourlab_database\CasPedia_CRISPRJ_all_V1.fasta -dbtype prot -out D:\1SoftWare\Bl 阅读全文

摘要： 1、将挂载好的硬盘卸载 sudo umount "/media/nancy/My Passport" 2、重命名磁盘标签（NTFS文件系统） sudo ntfslabel /dev/sdb1 zyn1 3、重新挂载磁盘 sudo mkdir -p /media/nancy/zyn1 sudo mou 阅读全文

摘要： 1、Trim galore配置见上文 2、MEGAHIT配置 conda create -n megahit_env -c bioconda megahit conda activate megahit_env megahit --help 3、运行脚本 点击查看代码 #!/bin/bash # 原 阅读全文

摘要： 1、安装 安装gcc，GNU 编译器集，因为trim的cutadapt及其依赖需要用它来编译C扩展 sudo apt update && sudo apt install build-essential Trim Galore：质量控制 点击查看代码 conda create -n trimgalo 阅读全文

摘要： 1、下载客户端 https://www.ibm.com/fr-fr/products/aspera/downloads#cds 选择IBM Aspera Connect 选择Télécharger maintenant pour Windows 下载安装包ibm-aspera-connect_4.2 阅读全文

摘要： 简易模式 1、聚类，确定新蛋白类别 构建进化树，查看属于哪个分支，一般情况下会和其他蛋白聚在同一个小分支上，如果不能，转困难模式 2、DED标注 在RCSB和CasPedia中找其他蛋白的结构和文献，并在文献中找到DED位置信息 在pymol中比对结构，划分结构域，标注活性位点 困难模式 1、聚类， 阅读全文