摘要: miRNA MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因。 1、物种 hsa、mmu、r 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:37 斩毛毛 阅读(8497) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 1、数据准备 2、画图 3、参数调整 (转自百迈克公众号) 关注下方公众号可获得更多精彩 阅读全文
posted @ 2019-08-21 16:59 斩毛毛 阅读(699) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 一些参考资料 http://www.360doc.com/content/17/0528/22/19913717_658086490.shtml https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html 一、对miRNA进行分析 1、bowtie比对 "bowt 阅读全文
posted @ 2019-07-25 13:26 斩毛毛 阅读(1504) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 阅读全文
posted @ 2019-06-02 22:02 斩毛毛 阅读(9983) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、原理 https://www.sohu.com/a/211301179_278730 较为详细 阅读全文
posted @ 2018-12-20 13:45 斩毛毛 阅读(296) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 安装clustalw很简单,不提了。 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式 2、选择1 并输入文件名字 3、输入2, 进行多序列比对 4、如果要修改输入格式,则点9 5、若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 6、按下回车,后退 7、 阅读全文
posted @ 2018-12-16 16:48 斩毛毛 阅读(7293) 评论(0) 推荐(1)
摘要: https://wenku.baidu.com/view/a82b12d62dc58bd63186bceb19e8b8f67c1cef04.html?sxts=1541829436140 阅读全文
posted @ 2018-11-10 13:59 斩毛毛 阅读(321) 评论(0) 推荐(0)
摘要: (1):字典中,get的用法 若该值无value,缺省值可随意设定。。。。如:d[color] = d.get(color, "hi") (2)sorted 用于排序,可形成副本 lis = ["red", "blue", "pep", "yellow"] print(sorted(lis, key 阅读全文
posted @ 2018-10-31 20:54 斩毛毛 阅读(300) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 讲解很详细:http://blog.genesino.com/2016/10/PCA/ PCA分析一般流程: 中心化(centering, 均值中心化,或者中位数中心化),定标(scale,如果数据没有定标,则原始数据中方差大的变量对主成分的贡献会很大。) 根据前面的描述,原始变量的协方差矩阵表示原 阅读全文
posted @ 2018-10-28 14:40 斩毛毛 阅读(11554) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 群体结构图形——structure堆叠图 2016/05/17 分享到: 2016/05/17 分享到: 分享到: 之前基迪奥已经为大家介绍过群体结构两种图形——PCA图和系统发生树,今天我们来介绍最后一种图形——structure堆叠图。 1、structure图的由来 图1 假设群体亚群数等于3 阅读全文
posted @ 2018-10-28 10:55 斩毛毛 阅读(13852) 评论(1) 推荐(0)