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1、grep 1 ## a为一个data frame,取含有RNA-Seq的行 2 index <- grep("RNA-Seq", a$Assay_Type) 3 b <- a[index,] 2、读取文件，选择不读哪一行 1 ##不读取带有！的行 2 data <- read.table("fi 阅读全文
posted @ 2020-02-06 15:42
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（1）：字典中，get的用法 若该值无value，缺省值可随意设定。。。。如：d[color] = d.get(color, "hi") （2）sorted 用于排序，可形成副本 lis = ["red", "blue", "pep", "yellow"] print(sorted(lis, key 阅读全文
posted @ 2018-10-31 20:54
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安装：install.packages("ggplot2") 加载：library(ggplot2) Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象) 其中： data: 数据集，主要是data frame； Aesthetics: 美学映射， 阅读全文
posted @ 2018-08-07 13:48
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1、Linux下去掉^M的方法 ①dos2unix filename ②sed -i 's/^M//g' filename #注意：^M的输入方式是 Ctrl + v ，然后Ctrl + M 或者 替换， s/\r/\r/g 2、sort 功能说明：将文本文件内容进行排序 语 法：sort [-nk 阅读全文
posted @ 2018-07-11 17:33
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VCF2Dis，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.ma 阅读全文
posted @ 2021-04-05 16:32
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NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具，对三代以及二代均可进行polish。 gituhp地址：https://github.com/Nextomics/NextPolish 基因组进行de novo组装后，得到contig，必须使用三代（尤其是没有consensus，比 阅读全文
posted @ 2021-02-08 11:11
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distmat 可用于计算遗传距离，得到距离矩阵 1 在线运算 可通过在线进行遗传距离的计算，网址：http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/distmat 输入的文件为比对文件，可以在上述网站看示例即可。 选择模型后，进行运算 而后得到如下的距离矩阵 阅读全文
posted @ 2021-02-02 21:49
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就基因家族工作做一简单介绍 基本思路 数据准备 确定好研究的基因家族后（比如：NBS，MADS-box etc.），下面就可以下载相关数据。 所研究物种的基因组序列； genome.fa 所研究物种蛋白序列；pep.fa 所研究物种gff文件 目标基因家族的隐马科夫模型 or RefSeq 对应基因 阅读全文
posted @ 2021-01-31 13:53
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tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture ad 阅读全文
posted @ 2021-01-30 14:55
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mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较，可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件（或者GENBANK identifier） 上传文件不得> 10 Mb 可选文件 比对程序 (一般选第3个即 阅读全文
posted @ 2021-01-26 09:41
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Assemblytics， 发表在Bioinformaticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27318204，鉴定基因组间SV。 Githup，https://github.com/marianattestad/assemblytics 同时也可以在线使用，h 阅读全文
posted @ 2021-01-25 13:11
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本文学习费章军老师文章Genome of Solanum pimpinellifolium provides insights into structural variants during tomato breeding 如何鉴定SV。 其流程见 https://github.com/GaoLei 阅读全文
posted @ 2021-01-25 13:10
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与核基因组相比，细胞器基因组相对来说，更为保守，并且序列较短，更加易于组装，仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法，仅供参考。 1 数据 本次我使用的二代数据为50X。下机后，首先通过fastq对其进行过滤，改软件操作较为简单，仅仅使用-q 20进行过滤，得到cle 阅读全文
posted @ 2021-01-25 13:09
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REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可戳参考文献、 Robert* REPuter: The Manifold Application 阅读全文
posted @ 2021-01-25 13:08
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