斩毛毛

摘要： 简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比 阅读全文

摘要： 目前鉴定全基因组加倍（whole-genome duplication events）有3种 通过染色体共线性（synteny） 方法是比较两个基因组的序列，并将同源序列的位置绘制成点状图，如果能在点状图中发现比较明显的长片段，切较多，便可以推测是由于大尺度的基因组重复以后保留下来的痕迹，，而一般我 阅读全文

摘要： 本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处： 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/c 阅读全文

摘要： Pysam可用来处理bam文件 安装： 用 pip 或者 conda即可 使用： Pysam的函数有很多，主要的读取函数有： AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF） TabixFile：读取由tabix索引的文件； Fa 阅读全文

摘要： 1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顾名思义，就是注释信息的中装站。通过它，能找到了几乎所有的注释资源。如果没有，你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub) ##获 阅读全文

摘要： 来自：https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之前，有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组。目前随着三代测序价格下降，这一 阅读全文

摘要： 1、 关注下方公众号可获得更多精彩 阅读全文

摘要： 1、安装，加载所用到到R包 用BiocManager安装，可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) # 阅读全文

摘要： 本文主要是对没有GO term库的植物进行注释。 1、选用AgriGo 进行注释，在agriGO中点击species后，查看与你目标物种相近的物种作为库 2、比如我以甜菜为例 为了找到和GO term对应的ID，先找到PLAZA，进入网站https://bioinformatics.psb.ugen 阅读全文

摘要： 1. 准备文件： ref.fa ref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt （软件来自http://hgdown 阅读全文