AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO，KEGG注释

1⃣️ AnnotationHub

目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顾名思义，就是注释信息的中装站。通过它，能找到了几乎所有的注释资源。如果没有，你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。

1. 加载AnnotationHub

library(AnnotationHub) ##获取数据库

ah = AnnotationHub()

2. 搜索自己所需数据库并下载

res <- query(ah,"Spinacia oleracea")

spinach_org <- ah[['AH72369']]

注：第一次下载比较慢，以后用就很快

3. 了解常用的5个函数

columns(x)： 显示当前对象有哪些数据

keytypes(x): 有哪些keytypes可用做select或者keys的keytypes参数

keys(x, keytyp,...)： 返回当前数据对象的keys （类似于他包含的内部值）

select(x, keys, colums,keytypes,...): 基于keys，columns，返回数据

mapIds(x,keys, columns,keytype,...)： 类似select，但是返回一个列

（1）返回这个数据有哪些列：

 

（2）返回这个数据可以当作关键词进行查找的列：

 

基本上keytypes返回的结果是等于或者少于columns返回的结果。因为并不是所有列都能当做查找对象。

（3）keytypes告诉我们可以当做哪些列是keytype类型，那么keys则列出这个keytype下有哪些关键字。

（4）select 查找

注：有些物种基因组版本更新，在这个数据库中记载的并无对应基因号，可根据记载的基因号REFSEQ，在NCBI下载，并进行blastp比对，进行替换即可

2⃣️clusterProfiler

library(clusterProfiler)   ##富集分析

一般将基因SYMBOL转为ENTREZID

 

但是个别会出现不成功，可用

 

 

 

 

 

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