摘要：PDBFixer 能够解决的问题包括： 添加缺失的重原子 添加缺失的氢原子 添加缺失的 loop 将非标准残基转换为对应的标准残基 对于某些原子，选择多个备选位置中的一个位置 删除不需要的蛋白质链 删除不需要的 heterogens - 添加水盒子和离子 安装 PDBFixer 可以通过 Omnia 阅读全文

摘要：使用工具： pymol autodock 注意：autodock的工作目录推荐为全英文路径，不要有空格等特殊字符！！！否则会闪退！！！ 1.蛋白和小分子文件的处理 （1）蛋白文件 pymol软件：去水（remove solvent），去小分子（remove organic），保存为pdb文件。 au 阅读全文