分子对接教程

使用工具：

• pymol
• autodock

注意：autodock的工作目录推荐为全英文路径，不要有空格等特殊字符！！！否则会闪退！！！

1.蛋白和小分子文件的处理

（1）蛋白文件

pymol软件：去水（remove solvent），去小分子（remove organic），保存为pdb文件。

autodock软件：加氢（Edit > Hydrogens > Add），选为受体（Grid > Macromolecule > Choose），保存为pdbqt文件。

（2）小分子文件

autodock软件：加氢（Edit > Hydrogens > Add），设置为配体（Ligand > input > Choose），检测和选择扭转键（Ligand > Torsion Tree > Detect Root，Ligand > Torsion Tree > Choose Torsions），保存为pdbqt文件（Ligand > Output > Save PDBQT）。

2.设置Grid box

1. Grid > Macromolecule > open >打开蛋白的pdbqt文件
2. Grid > Set map Types > Open Ligand > 打开小分子的pdbqt文件
3. Grid > Grid box，调整盒子大小，使得盒子包含着对接区域
4. File > Close saving current，保存当前的Grid box
5. Grid > Output > Save GPF，保存为gpf文件

3.AutoGrid

1. Run > Run AutoGrid
2. 第三个Browse，选择gpf文件
3. Lanuch，出现一个小框，等待运行完

4.对接

1. Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename > 打开蛋白的pdbqt文件
2. Docking > Ligand > Choose > 选择小分子 > Select Ligand > Accept
3. Docking > Search Parameters > Genetic Algorithm
4. 出现小框，调整参数（对接次数） > Accept
5. Docking > Docking Parameters，出现小框 > Accept
6. Docking > Output >Lamarckian GA，输出dpf文件
7. Run > RunAutodock
8. 第三个Browse，选择dpf文件
9. Launch，出现一个小框，等待运行完成

5.查看对接结果

1. Edit > Delete > Delete All Molecules > CONTINUE,，删除分子
2. Analyze > Dockings > OPen，打开dlg文件
3. Analyze > Macromolecule > Open，会自动跳出大分子
4. Analyze > Conformations > Play ranked by energy
5. 跳出一个小框，点击从右往左第二个按钮
6. 又跳出一个小框，勾选show info，build H-bonds
7. 又跳出小框，就是对接结果
8. Analyze > Conformations > Load，又跳出小框，是所欲欧构象的对接结果
9. 选择合适构象 > Write Complex > 保存为pdbqt文件