[置顶] Error in get_anno_data(ontology) : ontology not supported yet...
摘要： Error in get_anno_data(ontology) : ontology not supported yet... do_result <- enrichDO(gene = gene, ont = "DO", pvalueCutoff = 0.5, qvalueCutoff = 0.5 阅读全文
posted @ 2025-04-29 18:42 玉树Yshu 阅读(46) 评论(0) 推荐(0)
2025年6月18日
分子对接教程
摘要： 使用工具： pymol autodock 注意：autodock的工作目录推荐为全英文路径，不要有空格等特殊字符！！！否则会闪退！！！ 1.蛋白和小分子文件的处理 （1）蛋白文件 pymol软件：去水（remove solvent），去小分子（remove organic），保存为pdb文件。 au 阅读全文
posted @ 2025-06-18 03:25 玉树Yshu 阅读(249) 评论(0) 推荐(0)
2025年6月4日
pdbfixer安装教程（使用conda）
摘要： PDBFixer 能够解决的问题包括： 添加缺失的重原子 添加缺失的氢原子 添加缺失的 loop 将非标准残基转换为对应的标准残基 对于某些原子，选择多个备选位置中的一个位置 删除不需要的蛋白质链 删除不需要的 heterogens - 添加水盒子和离子 安装 PDBFixer 可以通过 Omnia 阅读全文
posted @ 2025-06-04 23:37 玉树Yshu 阅读(298) 评论(0) 推荐(0)
2025年4月29日
PyMol安装
摘要： 这是一个从软件安装的简易全流程教程，如有错误，请指正！万分感谢！ 1. Python及PyMol安装 1.1 首先前往该链接下载必须的安装包：https://gitee.com/ZeusLing/soft_repo/tree/master/PyMol 1、2、3是pymol的安装包，4是python 阅读全文
posted @ 2025-04-29 19:25 玉树Yshu 阅读(452) 评论(0) 推荐(0)
2020年10月29日
urllib库---内置库
摘要： 1.urllib库基本使用 from urllib import request url = 'https://www.biedoul.com/index/21868/' resp = request.urlopen(url) print(resp.read().decode('utf-8')) 2 阅读全文
posted @ 2020-10-29 12:49 玉树Yshu 阅读(125) 评论(0) 推荐(0)