pdbfixer安装教程（使用conda）

PDBFixer 能够解决的问题包括：

• 添加缺失的重原子
• 添加缺失的氢原子
• 添加缺失的 loop
• 将非标准残基转换为对应的标准残基
• 对于某些原子，选择多个备选位置中的一个位置
• 删除不需要的蛋白质链
• 删除不需要的 heterogens - 添加水盒子和离子

安装

PDBFixer 可以通过 Omnia 套件进行安装，自动安装其它依赖条件。例如：

# Add conda-forge and omnia to your channel list
# 首先在电脑上打开Anaconda Prompt，然后运行下列命令，添加omnia和conda-forge的channels
conda config --add channels omnia --add channels conda-forge
# Install the 'pdbfixer' a package
# 运行以下命令安装pdbfixer，安装过程中可能会根据提示输入Y即可。
conda install pdbfixer

GUI操作

在终端中输入 pdbfixer, 然后在浏览器中打开 http://localhost:8000 。之后按照提示进行操作即可。默认输出文件为 output.pdb，如下图：

打开后如图：

安装完成！