生信小栈

摘要： 下载 ius-release.rpm包 wget https://centos6.iuscommunity.org/ius-release.rpm 安装ius-release.rpm包 rpm -Uvh ius-release.rpm 安装python27版本 yum install python2 阅读全文

摘要： DNA突变是生物学中一个基本的现象，大多数的DNA突变是良性的，并不影响蛋白质的作用，少数突变会导致癌症等疾病。DAN中的突变可能来自辐射、化学试剂、复制错误和其他原因，我们将使用Python的随机数生成器模拟突变。 随机化是一种计算机技术，在日常程序中经常出现，最常见的是加密，例如，当你想生成一个 阅读全文

摘要： NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Centra 阅读全文

摘要： isPCR是用一对PCR引物搜索序列数据库。它使用索引策略来快速完成此操作。当搜索成功时，输出是fasta格式序列文件，其包含数据库中位于引物对之间的所有区域。 Linux系统下安装 1. 使用二进制文件 isPCR提供linux二进制执行文件,执行时报错缺少"lib.so.6"库文件。 安装ope 阅读全文

摘要： 生物数据库 生物数据库是收集自科学实验、出版文献、高通量实验技术和计算分析等生命科学信息库，它包含来自基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微阵列基因表达和系统发育学等领域的信息。 生物数据库大致可分为序列、结构和功能数据库。序列数据库储存核酸和蛋白质序列；结构数据库储存RNA和蛋白质的结构信息；功能数据 阅读全文

摘要： 如何计算每个基因的覆盖度与深度，有多种方法可以完成。如下演示使用samtools depth命令方法 1. 数据下载 1.1 Fastq文件下载 从NCBI下载Illumina Hiseq X Ten平台的RNA-Seq数据SRR7751429信息如上图所示。 1.1.1 使用wget命令（sra- 阅读全文

摘要： RNA测序（RNA Sequencing，简称RNA-Seq，也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，简称WTSS），是基于二代测序技术研究转录组学的方法，可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量。 RNA-Seq有助于查 阅读全文

摘要： DNA微阵列 DNA微阵列(DNA microarray)又称DNA阵列、DNA芯片和基因芯片(gene chip)，是一块数平方公分面积布放数千或数万个核酸探针的特殊玻璃片或硅芯片。 检体中的DNA、cDNA或RNA与探针结合后，借由荧光或电流等方式侦测，即可提供大量基因序列信息。研究人员应用基因 阅读全文

摘要： 转录组 转录组（Transcriptome），广义上指在相同环境（或生理条件）下的一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和，包括 信使RNA（mRNA）、核糖体RNA（rRNA）、转运RNA（tRNA）以及非编码RNA（ncRNA）；狭义上则指转录出的信使RNA（mRNA）。 转录组学 转 阅读全文

摘要： 在本章中，你将学习以下两方面的基本知识： 函数 使用Python调试包pdb 函数 使用Python调试包pdb 函数是程序重要的组成部分，你将在第七章中使用它们，并学习如何使用随机化来模拟DNA突变。Python调试包pdb可以将程序放缓，按步执行找到出错的地方。 1.函数 函数是组织好的代码块， 阅读全文