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摘要： 转自生信菜鸟团,如有侵权j,请联系微信:biozhangz进行删除. GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手 Posted on 2018年11月26日 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果，比如说乳 阅读全文

摘要： 差异计算对应生信分析非常重要 limma,genefilter 包计算差异,数据一定要转log, 因为 这两个包计算差异使用的方法是 mean(As)-mean(Bs) , 也计算是 logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 这也是为什么这两个包算出来的结果直接是lo 阅读全文

摘要： R语言里重要的三个函数我认为就是 apply, melt, dcast 掌握了才能入门R . m = data.frame(m = c(1,2,3,4,5,6),n=c(3,4,5,7,8,9),t=c(4,5,6,7,8,9)) h = function(x,c1,c2){ v1 = median 阅读全文

摘要： 你终于会做截断图了，可审稿人说不让做，怎么破 https://www.sohu.com/a/166996029_170798 数据可视化真是一个蛮头疼的问题，你不停地寻找最恰当的表达方法，让好不容易做出来的实验显得更惊艳。但有时候你踏破铁鞋终于找到了，做好了，写完文章投出去了，突然审稿人提了一些出乎 阅读全文

摘要： TCGA数据库下载数据 (2014-12-11 21:40:40) 转载▼ 标签： tcga数据库 分类： biology TCGA数据库是癌症基因图集（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，将针对不同癌症的所有基因变异进行系统分析。网址：http://cancergenome.n 阅读全文

摘要： 同源建模方法整理 Becky 12 人赞同了该文章 之前一直是使用Swiss model（http://swissmodel.expasy.org/interactive）做同源建模，这个服务器很简单，只要输入自己目的蛋白的序列即可，或者你自己提供模板，再输入蛋白序列，界面友好，但是它有几点不足之处 阅读全文

摘要： 使用oligo软件包处理芯片数据原创金子哦 最后发布于2017-03-27 18:15:10 阅读数 11376 收藏展开本博客介绍过 Affy芯片的处理方法 ，其中所使用的软件包有一定的局限性，无法读取和分析一些新版Affy芯片。本文介绍oligo软件包的处理方法以解决这些问题。oligo软件包并 阅读全文

摘要： R获取芯片平台与注释【检索】 刘小泽關注 0.5032018.09.12 18:16:16字數 103閱讀 5,235 刘小泽写于18.9.12处理芯片数据离不开注释包，并且不同的芯片数据使用不同的注释。知道GSE号后就能知道GPL平台号，但是怎么把平台和注释信息联系起来是个问题。今天花个十几分钟学 阅读全文

摘要： linux shell中"2>&1"含义 在计划任务中经常可以看到。例如我们公司的计划任务举例： */2 * * * * root cd /opt/xxxx/test_S1/html/xxxx/admin; php index.php task testOne >/dev/null 2>&1 */2 阅读全文

摘要： 使用clusterProfiler进行GO富集分析原创weixin_43569478 最后发布于2018-11-05 10:06:43 阅读数 12741 收藏展开欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功 阅读全文