从头分箱策略
这句话中的“从头分箱策略(de novo binning)”是指一种用于组装大型基因组序列的方法。
在宏基因组学研究中,从环境或生态系统中收集样本,然后对其中的微生物进行dna提取、测序和拼接,以了解微生物多样性、功能等信息。由于在大多数情况下,该样品中所含有的微生物可能是未知、未描述或难以根据序列特征区分的,因此需要使用从头分箱计算出各个微生物的基因组序列。
从头分箱是基于相似的生物学特征,将原始的dna序列分成几组(分箱),组内存在较高的相似性,而分箱与分箱之间的相似性并不高,通过这种方式确定每组的基因组属于同一个菌株或种群。由于新进展使得现在可以更好地重建宏基因组,因此我们可以期待从头分箱策略变得更加广泛和高效。