摘要：一般运行ROSETTA，屏幕上的Log很多，而且很复杂，让我们看着眼晕，现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西。 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出： 0 代表只输出致命型错误，程序异常终止 100 代表输出一般错误信息，程序终止 200 代表会输出警 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--Full Atom Representation和Centroid Representation
2017-11-08 20:07 by 丨o聽乄雨o丨, 580 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识，氨基酸残基的所有相关原子，均原封不动的表示出来，比如主链即侧链上的所有原子，N O S等，全原子表示的优势在于计算准确，但是耗时较长； 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--score.sc处理
2017-11-08 17:19 by 丨o聽乄雨o丨, 1136 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：对score.sc的便利操作： 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序，可用-r倒序排列)，并输出文件。 此命令以score文件第二列进行排序后，输出第二列及第三列（awk '{print $2 "\t" $3}'）,第二列通常代表total_sc 阅读全文
Mysql 数据库导入及导出
2017-09-04 16:12 by 丨o聽乄雨o丨, 390 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：Mysql 数据库导入及导出 数据库导出： 1.导出整个数据库 mysqldump -u 用户名 -p 数据库名 > 导出的文件名 这个时候会提示要你输入root用户名的密码,输入密码后dataname数据库就成功备份在mysql/bin/目录中. 2.导出一个表 mysqldump -u 用户名 阅读全文
管理员结束所有进程命令
2017-06-19 10:00 by 丨o聽乄雨o丨, 185 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：管理员结束某一用户的所有进程 pgrep -u username | xargs kill -9 结束某一用户的所有python命令： pkill -9 -u [username] python 阅读全文
bowtie2 Linux安装
2017-06-16 09:40 by 丨o聽乄雨o丨, 5938 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：目前最新版本为2.3.2，网址为：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。 如上图所示，bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码，需要用gmake安装，此 阅读全文
centos7及服务器端安装python2.7.13, setuptools, pip
2017-05-08 14:13 by 丨o聽乄雨o丨, 4263 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：1. 安装python2.7.13 因为涉及到安装到服务器，所以可能不能直接在usr/bin及usr/local/bin下安装，所以本文详解安装在自定义目录下。 下载安装包： 解压安装： 安装完成后，配置环境变量 再运行which python 及 python --version: python安 阅读全文
rosetta mpi error: protocols.jobdist.JobDistributors:(0)Master Node -- Waiting for job request:tag=1
2017-04-12 20:39 by 丨o聽乄雨o丨, 577 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：很简单，因为使用了mpi编译版本的rosetta，却只给它分配了一个线程，然后这个线程用于分配任务，就没有线程跑任务，所以就freeze了 阅读全文
python 格式化字符串"%s"%
2017-04-06 10:55 by 丨o聽乄雨o丨, 469 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：%s 字符串 (采用str()的显示) %r 字符串 (采用repr()的显示) %c 单个字符 %b 二进制整数 %d 十进制整数 %i 十进制整数 %o 八进制整数 %x 十六进制整数 %e 指数 (基底写为e) %E 指数 (基底写为E) %f 浮点数 %F 浮点数，与上相同 %g 指数(e) 阅读全文
python 列表解析
2017-03-30 14:29 by 丨o聽乄雨o丨, 337 阅读, 0 推荐, 收藏,
摘要：列表解析函数式：[expr for iter_var in iterable] [expr for iter_var in iterable if cond_expr]exp：1.>>> seq = [11,10,9,9,5,35,8,20,31,72,54,53]>>> [x for x in s 阅读全文
浙公网安备 33010602011771号