摘要:tleap -f oldff/leaprc.ff99SB source leaprc.gaff ATP = loadAMberPrep ATP.prep loadamberparams ATP.frcmod savemol2 atp ATP.mol2 1 quit 阅读全文
clustalo安装
2023-12-16 18:15 by 丨o聽乄雨o丨, 49 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:./configure --prefix=/hpcfs/fhome/user/Programs/clustal-omega-1.2.4 CFLAGS='-I/hpcfs/fhome/user/Programs/argtable2-13/include' LDFLAGS="-L/hpcfs/fhome 阅读全文
Bio.SeqIO.parse()一次性迭代器
2023-11-10 17:41 by 丨o聽乄雨o丨, 35 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:Bio.SeqIO.parse()是一次性迭代器,当用下列语句迭代过一次后,再迭代就为空: 1 import Bio 2 filename = "test.fasta" 3 seqs = Bio.SeqIO.parse(filename, "fasta") 4 # 第一次迭代,会正常输出seq id 阅读全文
tensorboard在jupyter中运行报错ip已拒绝连接
2023-11-10 11:15 by 丨o聽乄雨o丨, 98 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:在服务器中使用tensorboard在jupyter中作图: 1 %load_ext tensorboard 2 %tensorboard --logdir log所在路径(末尾不加/) 这时会报错ip已拒绝连接,解决方法为加入相应ip: 1 %tensorboard --logdir log所在路 阅读全文
ubuntu2004安装Multiwfn
2023-09-06 18:30 by 丨o聽乄雨o丨, 81 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:安装依赖库: sudo apt install libxm4 libgl1 解压后调整环境变量: #Multiwfn3.8dev export OMP_STACKSIZE=200M ulimit -s unlimited export Multiwfnpath=$Programs/Multiwfn_ 阅读全文
ubuntu2004 sshfs挂载网络目录文件夹
2023-08-30 16:28 by 丨o聽乄雨o丨, 121 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:1. 安装sshfs sudo apt install sshfs 2. 创建挂载点文件夹 mkdir /mnt/NetDisk 3. 配置sshfs sudo vim /etc/fuse.conf 解除注释user_allow_other 4. 挂载目标目录到挂载点 sshfs -o cache= 阅读全文
rosetta mpi运行错误,libcore.2.so undefined s 的
2023-06-09 09:48 by 丨o聽乄雨o丨, 109 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:重装的ubuntu2004,分别安装了openmpi4.1.1及openmpi1.6.5后编译mpi版本rosetta,运行rosetta_script.mpi.linuxgccrelease均出现libcore.2.so的报错,猜测是mpi版本问题或者是手动安装的mpi编译时出现的问题。 后面使用 阅读全文
rosetta error: 'StructureID' has not been declared
2023-06-06 16:00 by 丨o聽乄雨o丨, 52 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:错误的原因为编译器版本太高,解决方法也很简单,到文件 src/protocols/features/FeaturesReporter.fwd.hh 的顶部加入下面这句: 1 #include <cstdint> 阅读全文
docker ubuntu
2023-05-30 15:08 by 丨o聽乄雨o丨, 41 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:基本操作 查看所有镜像: docker images 查看所有容器状态: docker ps -a 开启关闭docker容器: docker start/stop xxxxx(container id/name) 删除docker容器: docker rm xxxxx (container id/n 阅读全文
ubuntu20.04固定ip
2023-05-29 16:59 by 丨o聽乄雨o丨, 92 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:1. 编辑 01-network-manager-all.yaml 文件: 1 sudo vim /etc/netplan/01-network-manager-all.yaml 加入下面内容: 1 # Let NetworkManager manage all devices on this sy 阅读全文