fasta文件拆分与合并
2016-03-23 12:29 丨o聽乄雨o丨 阅读(7037) 评论(0) 编辑 收藏 举报Linux中fasta文件的拆分与合并
FASTA文件的拆分:
(1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b:
awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta
(2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中:
awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta
FASTA文件合并:
cat *.fasta > output.fasta
cat `ls -tr *.fasta` > output.fasta #按时间反序的顺序合并文件
- 转载自:http://www.yelinsky.com/blog/archives/380.html
作者:丨o聽乄雨o丨
本文版权归作者和博客园共有,欢迎转载,但未经作者同意必须保留此段声明,且在文章页面明显位置给出原文连接,否则保留追究法律责任的权利。