代码改变世界

随笔分类 - software

alphafold2_conda版安装

2021-10-22 11:34 by 丨o聽乄雨o丨, 157 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 安装之前注意gcc版本,我用centos8的4.8.5装不了,后面自己安装的gcc8.4.0 1. conda create -n af2 python=3.8 -y 2. conda activate af2 3. conda install -y -c nvidia cudnn==8.0.4 4 阅读全文

RoseTTAFold安装

2021-10-21 15:44 by 丨o聽乄雨o丨, 230 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 下载RoseTTAFold $ git clone https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFold.git (100M) $ cd RoseTTAFold 2. 下载权重、数据库 $ wget https://files.ipd.uw.edu/pub 阅读全文

alphafold2的几项便利性修改。

2021-08-31 16:34 by 丨o聽乄雨o丨, 110 阅读, 收藏, 编辑
摘要: #Run alphafold2 # conda activate af2 # run_alphafold.py --fasta_paths=Test.fasta --max_template_date=2020-05-14 # run_alphafold.py --fasta_paths=N7.fa 阅读全文

centos8/7 非root安装gcc8.4.0, 解决gcc版本过低及libgfortran.so.5缺失问题

2021-07-29 19:57 by 丨o聽乄雨o丨, 562 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 在非root环境下安装gcc-8.4.0,可以解决redhat/centos gcc版本过低导致的软件编译错误的问题。gcc-8.4.0需要一系列的依赖包。 1.下载依赖包: gmp-6.2.0, mpfr-4.1.0, mpc-1.2.0, isl-0.18 可以从以下链接中下载 http://m 阅读全文

centos8.2装teamviewer,启动时无法显示GUI,无法登录,但是不报错的解决办法。

2020-11-26 19:43 by 丨o聽乄雨o丨, 548 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 首先明确一点,不是不报错,而是错误储存到了log里,你没看到! 安装的过程很简单,装的时候teamviewer也不报错,也就不赘述了。 下面说解决办法: 到teamviewer官网下载源码版本teamviewer_15.12.4_amd64.tar.xz $ #解压$ tar -xvf teamvi 阅读全文

xmgrace用法简记

2020-11-26 15:46 by 丨o聽乄雨o丨, 231 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 读取已有参数文件(-param) xmgrace rmsd.agr -param rmsd.parms 修改print_setup为PNG(设置Transparent还没找到怎么设置),设置输出名称为TAX_rmsd.png,设置输出目录为$dir,还可以设置直接输出图片而不打开交互页面(-hard 阅读全文

centos8安装xmgrace5.1.25

2020-10-26 21:48 by 丨o聽乄雨o丨, 494 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.下载完.tar.gz格式安装包后,先安装依赖; dnf install motif motif-devel openmotif openmotif-devel libXpm-devel libXp-devel xorg-x11-xbitmaps xorg-x11-fonts* 2.解压安装包,安 阅读全文

centos8.2安装nvidia 1660s驱动及cuda10.2

2020-10-21 11:37 by 丨o聽乄雨o丨, 1636 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 本篇博客吸收了这篇外文博客https://linuxconfig.org/how-to-install-the-nvidia-drivers-on-centos-8 同时根据自己的问题又做了相关整理,欢迎大家提问。 安装过程中的难点以及注意点。主要有关闭 nouveau 驱动,关闭 security 阅读全文

chimera里常用到的命令

2020-06-19 23:21 by 丨o聽乄雨o丨, 506 阅读, 收藏, 编辑
摘要: sel #0:1.a ~sel set bgcolor white rlabel #0:14.A:15.A:16.A:17.A:115.A:13.A:117.A:118.A color green,rl #1:1336.A:1337.A:1338.A:1339.A:1014.A:1335.A:104 阅读全文

Pymol里常用到的命令,随用随记

2020-06-09 16:04 by 丨o聽乄雨o丨, 1102 阅读, 收藏, 编辑
摘要: python脚本运行方式: 1, File->Run Script->选择python脚本; 2, run python脚本 常用命令: load *.pdb remove solvent select str1, resn Cl- remove str1 align WT_ligs, WT_box 阅读全文

Centos 7, Torque 单节点部署 (转载)

2019-10-12 19:40 by 丨o聽乄雨o丨, 729 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 转载自https://www.cnblogs.com/zhaosongbin/p/8492470.html,主要用途为自己学习和记录。 1. 准备工作 安装Torque必须首先配置linux主机名称,服务器主机名称大多默认localhost,不建议直接使用localhost。我这里修改为master 阅读全文

解决photoshop illustrator CS6在高分屏下图标文字过小的情况

2019-06-13 20:13 by 丨o聽乄雨o丨, 808 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 参考的一位国外的大神的经验。 1、开始-运行-regedit 打开注册表编辑器;在地址栏输入“计算机\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\SideBySide”,回车展开;右侧空白处右键点击新建-DWORD(32位 阅读全文

centos7.5 安装gaussian09和 gaussianview4

2019-04-14 20:31 by 丨o聽乄雨o丨, 1975 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 一、安装gaussian09 1. 解压安装包 2. 设置环境变量 3.错误 PGFIO/stdio: No such file or directory 解决方法: 4. g16安装方法基本类似 二、安装gaussianview4 1. 安装必要的库 2. 解压gv04 3. 设置环境变量 4. 阅读全文

centos7 vmd-1.9.3安装

2019-04-14 17:19 by 丨o聽乄雨o丨, 2546 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 下载安装包 安装包下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/,选择自己合适的版本,我下载1.9.3版本 2. 安装必要库 yum install freeglut* 3. 解压 tar zxvf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA 阅读全文

RAxML安装

2018-12-14 00:32 by 丨o聽乄雨o丨, 2497 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.下载解压 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd stand 阅读全文

服务器非root安装gcc 4.8.5

2018-05-02 16:50 by 丨o聽乄雨o丨, 2187 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.下载gcc-4.8.5: 2.解压gcc: 3.安装依赖三大件,会自动顺序安装gmp、mpfr、mpc 4.创建编译目录: 5.编译并重置环境变量(不重置部分边境变量的话会报不能包含当前路径之类的错): 6.安装: 7.设置环境变量 注意: 1.部分环境变量需要重置,根据个人情况又不尽相同,一般 阅读全文

centos7安装Amber16 && AmberTools

2018-04-16 17:46 by 丨o聽乄雨o丨, 4984 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Centos7 安装amber16 1.准备下载好的amber(Amber16.tar.bz2)及tools(AmberTools16.tar.bz2)安装包: $ cd MySoftware_home $ tar xvfj Amber16.tar.bz2 $ tar xvfj AmberTools 阅读全文

TM-align TM-score安装

2018-01-16 22:17 by 丨o聽乄雨o丨, 1403 阅读, 收藏, 编辑
摘要: TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。 下载链接:http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz 平台:Linux 下载下来的为TMtools,压缩包里包含TM-align 阅读全文

使用openbabel进行小分子底物构象搜索

2018-01-07 20:35 by 丨o聽乄雨o丨, 2689 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 使用open babel产生小分子多重构象的方法有两种: 1. 使用遗传算法(Genetic algorithm)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子产生30个小分子构象,然后使 阅读全文

centos7 cpanm安装,及perl模块安装

2017-12-14 14:14 by 丨o聽乄雨o丨, 5745 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. cpan安装 yum安装 注意:安装完成后,root及非root用户都可以使用cpanm安装模块,root用户直接用cpanm modulename安装即可,非root用户安装命令也是一样的,但是会由于权限问题(permission denied)导致错误,因为使用yum安装的cpanm会默认 阅读全文