代码改变世界

随笔分类 -  software

RAxML安装

2018-12-14 00:32 by 丨o聽乄雨o丨, 3862 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.下载解压 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd stand 阅读全文

服务器非root安装gcc 4.8.5

2018-05-02 16:50 by 丨o聽乄雨o丨, 2380 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.下载gcc-4.8.5: 2.解压gcc: 3.安装依赖三大件,会自动顺序安装gmp、mpfr、mpc 4.创建编译目录: 5.编译并重置环境变量(不重置部分边境变量的话会报不能包含当前路径之类的错): 6.安装: 7.设置环境变量 注意: 1.部分环境变量需要重置,根据个人情况又不尽相同,一般 阅读全文

centos7安装Amber16 && AmberTools

2018-04-16 17:46 by 丨o聽乄雨o丨, 5816 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Centos7 安装amber16 1.准备下载好的amber(Amber16.tar.bz2)及tools(AmberTools16.tar.bz2)安装包: $ cd MySoftware_home $ tar xvfj Amber16.tar.bz2 $ tar xvfj AmberTools 阅读全文

TM-align TM-score安装

2018-01-16 22:17 by 丨o聽乄雨o丨, 2448 阅读, 收藏, 编辑
摘要: TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。 下载链接:http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz 平台:Linux 下载下来的为TMtools,压缩包里包含TM-align 阅读全文

使用openbabel进行小分子底物构象搜索

2018-01-07 20:35 by 丨o聽乄雨o丨, 3805 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 使用open babel产生小分子多重构象的方法有两种: 1. 使用遗传算法(Genetic algorithm)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子产生30个小分子构象,然后使 阅读全文

centos7 cpanm安装,及perl模块安装

2017-12-14 14:14 by 丨o聽乄雨o丨, 7309 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. cpan安装 yum安装 注意:安装完成后,root及非root用户都可以使用cpanm安装模块,root用户直接用cpanm modulename安装即可,非root用户安装命令也是一样的,但是会由于权限问题(permission denied)导致错误,因为使用yum安装的cpanm会默认 阅读全文

centos6.6 7 vim编辑器中文乱码

2017-11-15 21:56 by 丨o聽乄雨o丨, 849 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 编辑~/.vimrc文件,加上如下几行: 阅读全文

Mysql 数据库导入及导出

2017-09-04 16:12 by 丨o聽乄雨o丨, 380 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Mysql 数据库导入及导出 数据库导出: 1.导出整个数据库 mysqldump -u 用户名 -p 数据库名 > 导出的文件名 这个时候会提示要你输入root用户名的密码,输入密码后dataname数据库就成功备份在mysql/bin/目录中. 2.导出一个表 mysqldump -u 用户名 阅读全文

bowtie2 Linux安装

2017-06-16 09:40 by 丨o聽乄雨o丨, 5699 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。 如上图所示,bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码,需要用gmake安装,此 阅读全文

centos7及服务器端安装python2.7.13, setuptools, pip

2017-05-08 14:13 by 丨o聽乄雨o丨, 4167 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 安装python2.7.13 因为涉及到安装到服务器,所以可能不能直接在usr/bin及usr/local/bin下安装,所以本文详解安装在自定义目录下。 下载安装包: 解压安装: 安装完成后,配置环境变量 再运行which python 及 python --version: python安 阅读全文

centos7安装mysql5.6

2017-02-21 11:08 by 丨o聽乄雨o丨, 264 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 卸载akonadi-mysql,因为这个会和mysql冲突; rpm -qa | grep mysql 显示已安装的mysql包 rpm -e akonadi-mysql-1.9.2-4.el7.x86_64 删除akonadi-mysql 2.安装mysql-community,因为cent 阅读全文

gedit 没有preference项,使preference回归,并用命令行设置行号,解决centos7下中文乱码,text wrapping等问题

2016-12-09 20:43 by 丨o聽乄雨o丨, 871 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 最简单的,使preference选项回来: 2. 设置行号: 3. 当前行高亮: 4. 解决centos7 gedit中文乱码的问题: 阅读全文

linux rhel7 dock6.7安装

2016-12-09 20:13 by 丨o聽乄雨o丨, 411 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 下载dock6.7 先申请license 在这个网址下载http://dock.compbio.ucsf.edu/Online_Licensing/index.htm 2. tar zxvf *.tar.gz 3. cd dock6/install 4. ./configure gnu 5. 阅读全文

rhel 7.0 配置centos yum源(2016/12/8),成功!

2016-12-08 19:43 by 丨o聽乄雨o丨, 2354 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.首先查看redhat 7.0系统本身所安装的那些yum 软件包: rpm -qa | grep yum #列出所有已安装的yum包 2.删除这些包: rpm -e *.rpm --nodeps #删除所有以前的yum包 3.下载新的yum rpm包:(2016/12/8 最新版本rpm,如果40 阅读全文

install MCR in silent mode linux server

2016-01-21 10:10 by 丨o聽乄雨o丨, 327 阅读, 收藏, 编辑
摘要: ./install -mode silent -agreeToLicense yes -destinationFolder /home/yanzhh/wq/Programs/MCRexport LD_LIBRARY_PATH=$Programs/MATLAB/MATLAB_Runtime/v717/... 阅读全文

本地blast用法

2015-12-30 19:42 by 丨o聽乄雨o丨, 1084 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 格式化数据库: makeblastdb -indb.fasta -dbtype prot -parse_seqids -outdbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名蛋白序列比对蛋白数据库(blastp)... 阅读全文

分子模拟软件Schrodinger Suites 2015安装

2015-10-13 10:05 by 丨o聽乄雨o丨, 2182 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 安装平台:redhat 5.6 schrodinger 2015 先把schrodinger_2015.iso 挂载到/mnt >>>> mount -o loop schrodinger_2015.iso /mnt >>>> cd /mnt >>>> ./INSTALL 安装之后进行破解:返回到/ 阅读全文

redhat centos yum源的安装

2015-10-09 10:17 by 丨o聽乄雨o丨, 388 阅读, 收藏, 编辑
摘要: redhat centos yum源的安装1.除旧#cd /etc/yum.repos.d #mv rhel-debuginfo.repo rhel-debuginfo.repo.bak 此处将其备份起来,供意外恢复时使用,如有其他的相关的源设置,都要删除,或是采用以上方法备份。删除RHEL5自带的... 阅读全文

redhat6.5 linux 安装mysql5.6.27

2015-10-09 10:11 by 丨o聽乄雨o丨, 451 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.yum安装mysql(root身份),适用于红帽6.5 yum install mysql-server mysql-devel mysql -y 如没有配置yum,请参见博客:http://www.cnblogs.com/wq242424/p/4863103.html 2.启动mysqld服务 阅读全文