摘要：
1.下载解压 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd stand 阅读全文
随笔分类 - software
服务器非root安装gcc 4.8.5
2018-05-02 16:50 by 丨o聽乄雨o丨, 2380 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1.下载gcc-4.8.5: 2.解压gcc： 3.安装依赖三大件，会自动顺序安装gmp、mpfr、mpc 4.创建编译目录： 5.编译并重置环境变量(不重置部分边境变量的话会报不能包含当前路径之类的错)： 6.安装： 7.设置环境变量 注意： 1.部分环境变量需要重置，根据个人情况又不尽相同，一般 阅读全文
centos7安装Amber16 && AmberTools
2018-04-16 17:46 by 丨o聽乄雨o丨, 5816 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Centos7 安装amber16 1.准备下载好的amber（Amber16.tar.bz2）及tools（AmberTools16.tar.bz2）安装包： $ cd MySoftware_home $ tar xvfj Amber16.tar.bz2 $ tar xvfj AmberTools 阅读全文
TM-align TM-score安装
2018-01-16 22:17 by 丨o聽乄雨o丨, 2451 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。 下载链接：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz 平台：Linux 下载下来的为TMtools，压缩包里包含TM-align 阅读全文
使用openbabel进行小分子底物构象搜索
2018-01-07 20:35 by 丨o聽乄雨o丨, 3810 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
使用open babel产生小分子多重构象的方法有两种： 1. 使用遗传算法(Genetic algorithm)进行构象搜索，属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子产生30个小分子构象，然后使 阅读全文
centos7 cpanm安装，及perl模块安装
2017-12-14 14:14 by 丨o聽乄雨o丨, 7319 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. cpan安装 yum安装 注意：安装完成后，root及非root用户都可以使用cpanm安装模块，root用户直接用cpanm modulename安装即可，非root用户安装命令也是一样的，但是会由于权限问题(permission denied)导致错误，因为使用yum安装的cpanm会默认 阅读全文
Mysql 数据库导入及导出
2017-09-04 16:12 by 丨o聽乄雨o丨, 380 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Mysql 数据库导入及导出 数据库导出： 1.导出整个数据库 mysqldump -u 用户名 -p 数据库名 > 导出的文件名 这个时候会提示要你输入root用户名的密码,输入密码后dataname数据库就成功备份在mysql/bin/目录中. 2.导出一个表 mysqldump -u 用户名 阅读全文
bowtie2 Linux安装
2017-06-16 09:40 by 丨o聽乄雨o丨, 5701 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
目前最新版本为2.3.2，网址为：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。 如上图所示，bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码，需要用gmake安装，此 阅读全文
centos7及服务器端安装python2.7.13, setuptools, pip
2017-05-08 14:13 by 丨o聽乄雨o丨, 4167 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. 安装python2.7.13 因为涉及到安装到服务器，所以可能不能直接在usr/bin及usr/local/bin下安装，所以本文详解安装在自定义目录下。 下载安装包： 解压安装： 安装完成后，配置环境变量 再运行which python 及 python --version: python安 阅读全文
centos7安装mysql5.6
2017-02-21 11:08 by 丨o聽乄雨o丨, 264 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. 卸载akonadi-mysql，因为这个会和mysql冲突； rpm -qa | grep mysql 显示已安装的mysql包 rpm -e akonadi-mysql-1.9.2-4.el7.x86_64 删除akonadi-mysql 2.安装mysql-community，因为cent 阅读全文
gedit 没有preference项，使preference回归，并用命令行设置行号，解决centos7下中文乱码，text wrapping等问题
2016-12-09 20:43 by 丨o聽乄雨o丨, 872 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. 最简单的，使preference选项回来： 2. 设置行号: 3. 当前行高亮: 4. 解决centos7 gedit中文乱码的问题: 阅读全文
linux rhel7 dock6.7安装
2016-12-09 20:13 by 丨o聽乄雨o丨, 411 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. 下载dock6.7 先申请license 在这个网址下载http://dock.compbio.ucsf.edu/Online_Licensing/index.htm 2. tar zxvf *.tar.gz 3. cd dock6/install 4. ./configure gnu 5. 阅读全文
rhel 7.0 配置centos yum源（2016/12/8），成功！
2016-12-08 19:43 by 丨o聽乄雨o丨, 2354 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1.首先查看redhat 7.0系统本身所安装的那些yum 软件包： rpm -qa | grep yum #列出所有已安装的yum包 2.删除这些包： rpm -e *.rpm --nodeps #删除所有以前的yum包 3.下载新的yum rpm包：（2016/12/8 最新版本rpm，如果40 阅读全文
install MCR in silent mode linux server
2016-01-21 10:10 by 丨o聽乄雨o丨, 327 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
./install -mode silent -agreeToLicense yes -destinationFolder /home/yanzhh/wq/Programs/MCRexport LD_LIBRARY_PATH=$Programs/MATLAB/MATLAB_Runtime/v717/... 阅读全文
本地blast用法
2015-12-30 19:42 by 丨o聽乄雨o丨, 1084 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
格式化数据库： makeblastdb -indb.fasta -dbtype prot -parse_seqids -outdbname 参数说明: -in：待格式化的序列文件 -dbtype：数据库类型，prot或nucl -out：数据库名蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）... 阅读全文
分子模拟软件Schrodinger Suites 2015安装
2015-10-13 10:05 by 丨o聽乄雨o丨, 2184 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
安装平台：redhat 5.6 schrodinger 2015 先把schrodinger_2015.iso 挂载到/mnt >>>> mount -o loop schrodinger_2015.iso /mnt >>>> cd /mnt >>>> ./INSTALL 安装之后进行破解：返回到/ 阅读全文
redhat centos yum源的安装
2015-10-09 10:17 by 丨o聽乄雨o丨, 388 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
redhat centos yum源的安装1.除旧#cd /etc/yum.repos.d #mv rhel-debuginfo.repo rhel-debuginfo.repo.bak 此处将其备份起来，供意外恢复时使用，如有其他的相关的源设置，都要删除，或是采用以上方法备份。删除RHEL5自带的... 阅读全文
redhat6.5 linux 安装mysql5.6.27
2015-10-09 10:11 by 丨o聽乄雨o丨, 451 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1.yum安装mysql(root身份)，适用于红帽6.5 yum install mysql-server mysql-devel mysql -y 如没有配置yum，请参见博客：http://www.cnblogs.com/wq242424/p/4863103.html 2.启动mysqld服务 阅读全文