一周一paper，一周一技术

摘要： 官网说明书：http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html 1.genome brower的作用 a,展示任何尺度的基因组片段。比如，想看某条染色体的某个区域的序列。 b,展示某些位置的annotation tracks。比如，你得到 阅读全文

摘要： 方法：使用-v参数。 对于多个shell变量使用多个-v 有个关于shell变量中的空格问题： 阅读全文

摘要： 原文出处：生活费的博客，http://www.cnblogs.com/276815076/archive/2011/12/05/2276625.html#undefined 两种情况：getline左右没有重定向符|或< 1.当getline左右没有重定向符|或<时，getline读去当前文件的第一 阅读全文

摘要： 原图来自：http://blog.csdn.net/zhangxinrun/article/details/6714714 阅读全文

摘要： python的正则表达式功能是用re模块相应的函数实现： 1.re模块的函数大概： 2.match 和search的相同和不同 参考： http://www.cnblogs.com/vamei/archive/2012/08/31/2661870.html http://www.cnblogs.co 阅读全文

摘要： 原文来源：x2yline在生信进化树上的评论，http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.html Ensemble（ ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 ）能够对人类基因自动进行注释，包括人类，小鼠，斑马鱼，猪和大鼠等，也包括来自HAV 阅读全文

摘要： \：将一些有特定意义的符号正常化，比如\$ ^：以^后面的字符为开头 $：以$前面的字符为结尾 。：代表任意一个字符 [ ...]：括号内的任意一个字符 [^...]：除了括号内的任意一个字符 |：符号的左边和右边的内容的一个 *：重复前面一个字符，0到无穷次 +：重复前面一个字符，1到无穷次 ？： 阅读全文

摘要： 功能：match函数是用于个性化定制搜索模式。 例子： 文件内容： this is wang ,not wan that is chen, not che this is chen ,and wang ,not wan che 思路： 比如你想提取is后面的第一个单词，和not 后面的第一个单词， 阅读全文

摘要： 题目： 一个tab间隔的文件，读取时一行为一个循环，依次读取每行的参数。 比如第一行为：a b c ,输出为a+b+c 总结：关键在于（），{}的运用 a=($id) #()起了初始化数组的作用。 b=${a[0]} #{}起了划分变量界限的作用。 阅读全文

摘要： 两个软件的作用：1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息，这个位点上有多少条read匹配，匹配read的碱基是什么，并将这些信息存储在BCF文件中。2.bcftools 是真正进行calling的软件。其也可以用来BCF和VCF格式的转换。 常见流程： 阅读全文