一周一paper，一周一技术

摘要： ggplot2提供了两个画图函数用于绘制频数分布图：geom_histogram()和geom_bar() 1.离散变量 对于离散变量的频数分布图，只需要输入离散变量数据就可以。 2.连续变量 对于连续数据的频数分布图，要考虑组距的大小，还有第一个组的起始位点。 组距大小：binwidth 第一个组 阅读全文

摘要： 意义不明的克隆性造血是指由一个造血干细胞或者其他早期的起始血细胞为了更好的适应环境而发展成一个带有一些基因变异的亚型。 这个亚型带有基因变异一般是非驱动性的，而且该亚型占血细胞的比率跟年龄有很大的相关型。研究表明，40岁以下的该亚型的比率只有少于1%，而超过70岁的，可能比率会高达10%-20%。 阅读全文

摘要： 聚类：计算distance：dist(data),data必须是数字类型的，如果有字符串类型的必须去掉。否则会出现错误。 热图： 两种方法：一是ggplot2自带的geom_tile()；二是pheatmap包。 一，使用geom_tile()，需要自己聚类数据。 二，使用pheatmap包，设置参 阅读全文

摘要： 1.安装包带configure文件的： ./configure --prefix=安装目录 2.安装包不带configure文件，只带MakeFile 2.1 make install PREFIX=/xxx/yyy 2.2 vim MakeFile 在文件的头几行中有一个：PREFIX= ，在此修 阅读全文

摘要： phred-scale quality score起源于人类基因组计划，最初是用来评估碱基质量分数，后来，被广泛的推广到基因领域的其他内容。 phred-scalequality score表示这件事情做对的可能性，值越高，则做对的可能性越高。一般说来，值可以从0到无穷大。 phred-scale 阅读全文

摘要： https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article.php?id=2806 阅读全文

摘要： 注意：本文的内容主要来自于GATK官网的讲解，所以vcf也是GATK产生的，用其他caller，比如varscan2产生的vcf文件的内容注释可能不一致。 参考：https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268/what-is-a- 阅读全文

摘要： 本文主要参考网络上文章，并根据自己安装出现的问题进行补充。 参考文章： 1、gcc和boost的升级步骤(非root权限)：https://blog.csdn.net/u010246947/article/details/42099021 2、在 Ubuntu 12.04 下编译 GCC 4.7：h 阅读全文

摘要： 背景：c-MET是肝细胞生长因子的酪氨酸激酶受体。MET 14号外显子编码部分c-MET的胞内跨膜结构域，包括重要的调节原件，比如酪氨酸1003，一个降解c-MET的相关酶的结合位点。 拥有MET 14号外显子跳跃突变的个体，可能出现c-MET活性增强，表达量增强。 目的：拥有MET 14号外显子及 阅读全文

摘要： 论文名称：A common BIM deletion polymorphism mediates intrinsic resistance and inferior responses to tyrosine kinase inhibitors in cancer 论文发表时间:2012年，natu 阅读全文