一周一paper，一周一技术

摘要： 向量只能接受同一类型的数据；list可以接受不同的数据。 1.添加元素 阅读全文

摘要： 自己感兴趣的一些序列作为数据库，然后用blastn把测序的read比对到自己建立的数据库中。 1.用fasta文件创建blast数据库 2.然后用blastn比对 阅读全文

摘要： blast+有三大工具类型： blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdb 阅读全文

摘要： 1.EOP marker is absent 在使用samtools index时出现 EOF是指the end of file,即samtools认为你的bam文件是不完整的。 如果把view参数的u（解压缩）去掉，是不会出现上述情况。 2. 阅读全文

摘要： 文章名称：Exome Sequencing of Cell-Free DNA from Metastatic Cancer Patients IdentifiesClinically Actionable Mutations Distinct from Primary Disease。 目的：1.验 阅读全文

摘要： 1.韦恩图的作用：用来展示多个相关集合的交集，差集。 2.韦恩图的画法：R包VennDiagram 几个重要参数： 圆圈设置： 1.圆圈的内部颜色：fill，接受向量 2.圆圈的外部颜色：col，接受向量 3.圆圈的内部透明度：alpha,接受向量。 4.圆圈的外框的大小：lwd，接受向量。 类名称 阅读全文

摘要： 1.要使得算术运算的结果有小数，则运算的对象至少有一个是float型的。 2.控制小数的位数：字符串格式化 格式：需要进行格式化的字符串%插入对象 需要进行格式化的字符串中带有一个或多个嵌入的转换目标，都以%开头。 嵌入的转换目标：（有十几种，只列举常用的三种） %s:字符串 %d:十进制整数 %f 阅读全文

摘要： 1.两个函数和若干个内部变量控制awk的输出格式： 两个函数：print和printf 内部变量：OFS:输出的列间隔符，默认为tab; ORS：输出的行间隔符，默认为\n printf更加自由化，一切输出格式都需要自己定义。 print是定义好的printf，通过内部变量能改变已经定义好的格式。 阅读全文

摘要： windows在编辑的文档，在linux中显示会在行尾出现一个^M window下编辑的文档：末尾带^M$ linux下编辑的文档：末尾带$ awk中如果存在^M，则会限制print的输出列数（只能输出文本中原有的列数）： 替换掉^M: 1.^M的写法：ctrl +v,ctrl+m 2.替换命令：s 阅读全文

摘要： 1.利用primer_blast工具，找出这对引物序列在基因组上的位置： 结果大概会像这样： 2.这些结果都是根据hg38基因组来定位的，转换成hg19: 利用UCSCde hgLiftover 在线软件：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver 阅读全文