Starlitnightly

2025年6月8日

摘要：写在前面最近在处理百万级别的单细胞数据，由于默认的CPU跑地太慢了，转头去折腾rapid_singlecell，但发现，这包是真难装。于是，我就打算在OmicVerse里用Pytorch重写单细胞预处理的部分函数。如果有现成的就直接调用，例如torchdr就可以进行PCA的GPU加速。此外，作为阅读全文

posted @ 2025-06-08 11:48 Starlitnightly 阅读(498) 评论(0) 推荐(0)

单细胞最好的教程(十八): 细胞类型映射到细胞本体论：让你的单细胞注释更专业！

摘要：

细胞类型映射到细胞本体论：让你的单细胞注释更专业！作者按在单细胞数据分析领域，标准化的细胞类型注释对于数据整合和比较研究至关重要。本文将介绍如何使用Cell Ontology（细胞本体论）来规范化你的细胞类型注释，提高研究的可重复性和可比性。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转阅读全文

posted @ 2025-06-08 11:41 Starlitnightly 阅读(751) 评论(0) 推荐(0)

2024年7月23日

第一作者解读｜我们这篇Nature Communication背后的故事

摘要：

2024年7月16日，大暑将至，立秋不远。我们基于Python的转录组学全分析框架的文章——"OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing"——正式在阅读全文

posted @ 2024-07-23 15:57 Starlitnightly 阅读(1498) 评论(6) 推荐(6)

2024年6月23日

【服务器】Ubuntu虚拟内存设置

摘要：引子最近服务器内存老是爆掉，64G的内存对于四五个人同时使用还是有点勉强，上网查询了一下虚拟内存的教程，本博客记录一下方法。 swap内存设置假设你想将swap文件放在/mnt/data/mem目录下，以下是详细的步骤：创建并启用Swap文件创建目录（如果目录不存在）： sudo mkdir 阅读全文

posted @ 2024-06-23 20:55 Starlitnightly 阅读(1313) 评论(1) 推荐(1)

2024年6月22日

全网最好看的单细胞umap图绘制教程

摘要：全网最好看的单细胞umap图绘制教程作者按大家或许都曾被Nature, Science上的单细胞umap图吸引过，不免心生崇拜。在这里，我们将介绍一种简单方便的顶刊级umap图可视化全文字数|预计阅读时间: 2000|5min ——Starlitnightly（星夜）环境加载我们先导入一些阅读全文

posted @ 2024-06-22 17:47 Starlitnightly 阅读(6327) 评论(0) 推荐(0)

2024年6月21日

Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程

摘要：在前面的教程中，我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程，在本节教程中，我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。环境的下载在这里我们只需要安装omicverse环境即可，有两个方法：一个是使用conda：c 阅读全文

posted @ 2024-06-21 15:08 Starlitnightly 阅读(806) 评论(0) 推荐(0)

Python版RNA-seq分析教程：DEseq2差异表达基因分析

摘要： Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因，我们可以用 omicverse包来完成这个任务。在omicverse中，除了最简单的ttest外，在这里，我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。原教程地址：https://omicverse.readt 阅读全文

posted @ 2024-06-21 15:07 Starlitnightly 阅读(1729) 评论(0) 推荐(0)

Python版RNA-seq分析教程：差异表达基因分析

摘要： Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因，我们可以用 omicverse包来完成这个任务。对于差异表达分析而言，首先，我们可> 以先将 gene_id 改为 gene_name。其次，当我们的数据集存在批量效应时，我们可以使用 DEseq2的 SizeFactor 对其进行归一阅读全文

posted @ 2024-06-21 15:06 Starlitnightly 阅读(1632) 评论(0) 推荐(0)

使用国产大模型完成单细胞自动注释

摘要：作者按我们在Python的scverse生态中，重新实现了GPTCelltype的函数，并加入了更多大模型的扩展，同时我们并将其封装进OmicVerse框架中全文字数|预计阅读时间: 2000|5min ——Starlitnightly（星夜） GPT-4 是一种专为语音理解和生成而设计的大型语阅读全文

posted @ 2024-06-21 15:02 Starlitnightly 阅读(1095) 评论(0) 推荐(1)

2024年6月20日

单细胞测序最好的教程（十六）：关于RNA速率你想知道的都在这

摘要：作者按本章节详细讲解了基于RNA速率的三种拟时序模型，包括稳态模型，EM模型和深度学习模型，并对比了不同模型的适用场景与计算特点。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。全文字数|预计阅读时间: 5000|10min ——Starlitnightly（星夜） 5.2 RNA速率阅读全文

posted @ 2024-06-20 14:27 Starlitnightly 阅读(1945) 评论(4) 推荐(0)

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