摘要： 1. Sort排序：https://www.cnblogs.com/fulucky/p/8022718.html 参 数： -b 忽略每行前面开始出的空格字符。 -c 检查文件是否已经按照顺序排序。 -d 排序时，处理英文字母、数字及空格字符外，忽略其他的字符。 -f 排序时，将小写字母视为大写字母 阅读全文

摘要： 参考:http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html 装bcftools $ tar -jxvf bcftools-1.8.tar.bz2 $ cd bcftools-1.8 $ ./configure $ make $ make install $ 阅读全文

摘要： http://trinotate.github.io/ 装软件： Trinotate TransDecoder sqlite BLAST+ HMMER 阅读全文

摘要： （已装RSEM、bowtie2） $ /util/align_and_estimate_abundance.pl --transcripts trinity.fasta --seqType fq --left 1.fq --right 2.fq --est_method RSEM --aln_met 阅读全文

摘要： 1. RSEM的安装和使用： $ tar -xzf RSEM-1.3.0.tar.gz $ cd RSEM-1.3.0 $ make $ make ebseq $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc $ source ~/.bashrc $ extract-tr 阅读全文

摘要： 1. RSEM的安装和使用： $ tar -xzf RSEM-1.3.0.tar.gz $ cd RSEM-1.3.0 $ make $ make install $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc $ source ~/.bashrc $ extract- 阅读全文

摘要： 参考：https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/7190779.html https://blog.csdn.net/ygyxl/article/details/79742751 GO 注释主要有两种方法：序列相似性比对（BLAST）和结构域相似性比对（Inte 阅读全文

摘要： 主页使用说明http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html。 下载解压即可使用（java）。 一、建库 （1）已有2500个基因组的库，直接下载。 查看已有库：$ java -jar snpEff.jar databases 下载库：$ java - 阅读全文

摘要： 参考http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml Bowtie： 25-50 nucleotides Bowtie 2：50-1000 nucleotides 1. 建立索引 $ bowtie2-build file.fasta fil 阅读全文

摘要： SNP鉴定的标准流程有三个步骤： 一、mapping 使用BWA MEM将每个样本的测序数据比对到组装的参考序列。建立索引和比对： $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq >aln-pe.sam 二、转换 $ samto 阅读全文