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2018年3月14日

BWA: Burrows-Wheeler Alignment Tool比对

摘要： BWA 阅读全文

posted @ 2018-03-14 10:54 冰冻三丈阅读(444) 评论(0) 推荐(0)

2018年2月1日

TransDecoder寻找和预测ORF

摘要： 1. 软件下载和安装下载网址：https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/releases 在当前安装目录下输入make进行编译。 $ make 2. 使用从fasta格式文件预测编码区： Step 1: 提取最长的开放阅读框 $ TransDeco 阅读全文

posted @ 2018-02-01 14:58 冰冻三丈阅读(5481) 评论(0) 推荐(0)

2018年1月31日

Diamond软件比对蛋白质数据库

摘要：参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html 1. 下载、安装下载地址：https://github.com/bbuchfink/dia 阅读全文

posted @ 2018-01-31 17:56 冰冻三丈阅读(3421) 评论(0) 推荐(0)

Blast+比对软件

摘要：转录组注释离不开Blast+，需要比对到NCBI nt nr等数据库。 1. 软件下载：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 如：ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz，解压后可用。 2. 阅读全文

posted @ 2018-01-31 16:58 冰冻三丈阅读(1000) 评论(0) 推荐(0)

2018年1月23日

cd-hit 转录本聚类

摘要：可以将Trinity.fasta最长转录本作为unigenes，也可以使用其他软件，如GTICL和cd-hit。一般GTICL和cd-hit得到的unigenes比Trinity软件得到的数量要多，有人指出在GTICL和cd-hit的结果中能找到自己想要的基因，而在最长库中有的难以找到。 1. 安装阅读全文

posted @ 2018-01-23 15:48 冰冻三丈阅读(1686) 评论(0) 推荐(0)

2018年1月19日

De novo转录组组装

摘要： 1. Trinity安装需要安装bowtie2。下载：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases $ make $ make plugins 安装其他组件 $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashr 阅读全文

posted @ 2018-01-19 17:52 冰冻三丈阅读(1249) 评论(0) 推荐(0)

fastp处理数据

摘要：参考：https://mp.weixin.qq.com/s/yBsUwsMSexxzt2erL_y21g 1. 安装下载地址 http://opengene.org/fastp/fastp 使用 chmod a+x ./fastp 增加该文件的可执行权限，然后就可以使用了。 $ chmod 777 阅读全文

posted @ 2018-01-19 14:19 冰冻三丈阅读(1169) 评论(0) 推荐(0)