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EBI网址链接： https://www.ebi.ac.uk 方法：直接从ncbi上面找到想要下载数据的SRR号然后去EBI里面直接搜索即可得到。 底部就是想要下载的fastq文件了： 然后右键复制链接地址，直接到服务器上面wget -c 加链接地址就可以完成数据的下载。 阅读全文
posted @ 2022-04-13 23:24
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1. 打开NCBI 2. 输入物种名，以HPV为例： 搜索，到genomes分栏下面选择Assembly点击进去 3. 进去下面的界面，再点击RefSeq进入下载界面 4. 进入下载界面： HPV参考基因组下载界面：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/G 阅读全文
posted @ 2021-12-07 15:23
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这个主要是解决dos系统命令行与linux命令行不匹配的问题。 因此microsoft shop 中开发了很多免费的app可供傻瓜式的安装使用。但是出现了不能下载的问题。 链接如下：https://www.microsoftstore.com.cn/search/?q=linux 同时在git-hu 阅读全文
posted @ 2021-08-29 19:04
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利用一个perl语言写的工具：snpeffTomaf 一行代码即可实现非常方便 github地址链接：https://github.com/tsy19900929/snpeffToMaf 将此仓库中的脚本和示例文件下载下来，参照readme文件，进行操作就可以。 用snpeffToMaf.pl 这个 阅读全文
posted @ 2021-08-17 22:26
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目前，在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式： 利用Aspera工具下载。 利用SRA Toolkit下载。 利用wget命令直接下载 第三种最为方便。其中的关键是得到下载数据的链接，即ftp的地址 进入NCBI网页后，按如下步骤操作： Step1.设置NCBI的分类为:SRA Step2.输入感 阅读全文
posted @ 2021-08-11 20:17
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登录到NCBI的gemome界面： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome 搜索框中选择：homo sapiens 接着就可以下载了 阅读全文
posted @ 2021-08-07 18:40
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1. 软件的安装 a. bcftools 的安装 b. bgzip的安装: https://blog.csdn.net/weixin_30471065/article/details/95108525 下载链接：https://github.com/samtools/htslib/releases/ 阅读全文
posted @ 2021-05-23 21:26
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1.Aptitude aptitude 与 apt-get 一样，是 Debian 及其衍生系统中功能极其强大的包管理工具。 与 apt-get 不同的是，aptitude 在处理依赖问题上更佳一些。 举例来说，aptitude 在删除一个包时，会同时删除本身所依赖的包。 这样，系统中不会残留无用的 阅读全文
posted @ 2021-02-16 21:06
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du -sh 查看进程及内存使用情况 ps -df 利用sort进行排序 sort 自运用实例： 命令行：sort -nk 2 filter2.txt -t"=" filter2.txt |less ##实现对数字那一列由小到大的排列 原始文件格式： 执行后的格式：由小到大排列整齐 以制表符分割的数 阅读全文
posted @ 2021-02-16 14:59
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这篇帖子有详细介绍统计学中的自由度金志成实验设计书中的定义：能独立变化的数据数目。只要有n-1个数确定，bai第n个值就确定了，它不能自由变化。所以自由度就是n-1。自由度表示的是一组数据可以自由表化的数量的多少。n-1是通常的计算方法，更准确的讲应该是n-x，n表示“处理”的数量，x表示实际需要计 阅读全文
posted @ 2020-12-05 15:24
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