用bcftools将多个vcf文件合并成一个vcf文件 或将多个vcf和合并成的vcf文件拆分成单个样本的vcf文件

1. 软件的安装

a. bcftools 的安装

b. bgzip的安装: https://blog.csdn.net/weixin_30471065/article/details/95108525

下载链接：https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.2.1/htslib-1.2.1.tar.bz2

2. 合并

第一步： 

用bgzip将所有的vcf文件压缩

bgzip -c -f f_nist_1_2.vcf > f_nist_1_2.vcf.gz

第二步：

用bcftools 对每一个压缩好的vcf文件建立index

bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz

第三步：

用bcftools将压缩好的所有vcf文件进行合并

bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_1_4.vcf.gz fc_nist_2_1.vcf.gz fc_nist_2_2.vcf.gz fc_nist_2_3.vcf.gz fc_nist_2_4.vcf.gz -Oz -o merge.vcf.gz

任务完成，得到最后合并好的vcf文件。

bcftools文件的一些使用方法：

http://www.htslib.org/doc/1.0/bcftools.html

bgzip的使用方法参考网址：

http://www.htslib.org/doc/bgzip.html

 

拆分成单个样本的vcf文件：

1、下载安装bcftools。

2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示：

sample1

sample2

sample3

3、输入命令：

bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf