在NCBI中下载SRA数据

目前，在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式：

• 利用Aspera工具下载。
• 利用SRA Toolkit下载。
• 利用wget命令直接下载

第三种最为方便。其中的关键是得到下载数据的链接，即ftp的地址

 

 

 进入NCBI网页后，按如下步骤操作：

• Step1.设置NCBI的分类为:SRA
• Step2.输入感兴趣的样本号：IRIS_313-11156，点击Search,弹出四条item，说明该样本分四次run上级，我们需要全部下载
• Step3.点击右上角的Send to
• Step4.在Choose Destination中选择File
• Step5.在Format输入栏选择RunInfo
• Step6.点击Create File，此刻会生成一个名为SraRunInfo.csv的文件，图中标黄的一列即为不同次run数据的ftp地址。

wget -c 50 下载地址

若想批量下载则把下载地址放到一个list里面，然后运行下面的代码：

wget -c 50 -i list.txt

 

下面这个网址里面也有一些内容可供参考：

https://www.jianshu.com/p/0694fcb77157

 https://www.cnblogs.com/zdwu/p/8473986.html

 

下载好的数据是sra压缩格式，这个格式是ncbi特有的一种格式，需要将此格式的文件转换成fastq文件的格式

sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq，从
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
下载相应的软件。
或者下载最新的source code，在服务器上用make 编译。
然后使用如下命令行：
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra
这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。

 

转换 .sra 文件成  .fastq/fasta 文件

#single-end 单端测序

.../fastq-dump  DRR000003.sra               # 结果生成DRR000003.fastq

.../fastq-dump  --fasta  DRR000003.sra   # 结果生成DRR000003.fastq

 

#pair-end  双端测序

.../fastq-dump --split-3  DRR002018.sra    #  结果生成   DRR002018_1.fastq，DRR002018_2.fastq

 

REF:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4055a5940100o1mg.html
http://hi.baidu.com/wuyu466/item/152006eb4363eac3baf37d29
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020100liee.html