随笔分类 -  生信软件安装

19、SOAP安装，运用与比对结果解释
摘要：转载：http://www.dengfeilong.com/post/Soap2.html https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71108344 软件下载网址：http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPal 阅读全文
posted @ 2018-11-10 15:22 风中之铃 阅读(1900) 评论(0) 推荐(0)
41、Aspera下载安装运用
摘要：参考：http://www.so.com/linkm=aLVHG%2FgJT4HyuVeK4%2BxX2LMFvF6oTiTCaruHE20pwjRia7DmVI2hIVfmw%2BFNPczCtvXgQcY1BJg7omFLBbISWzz%2BLRCRWyDmxMvrkDKaGmhQ%3D htt 阅读全文
posted @ 2018-08-13 21:13 风中之铃 阅读(5718) 评论(1) 推荐(0)
11、比对软件STAR（https://github.com/alexdobin/STAR）
摘要：转载：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA==&mid=2247484731&idx=1&sn=b15fbee5910b36341bf366860ee5df53&scene=21#wechat_redirect 这次给大家带来的是ENCODE 阅读全文
posted @ 2018-01-26 16:10 风中之铃 阅读(8833) 评论(0) 推荐(0)
9、samtool view
摘要：参考：https://www.sogou.com/link?url=DOb0bgH2eKh1ibpaMGjuy6YnbQPc3cuKbWqIy1k6SBFomuBEhdSpHkUUZED5fr2OTkh3_01_UomO4oOua-YE2A..1、将sam文件转换成bam文件 $ samtools 阅读全文
posted @ 2018-01-26 14:24 风中之铃 阅读(848) 评论(0) 推荐(0)
8、SRR数据下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/
摘要：1、prefetch SRRxxxxxx ～/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Arc 阅读全文
posted @ 2017-12-04 15:59 风中之铃 阅读(6759) 评论(0) 推荐(0)
7、sraToolkit安装使用
摘要：参考：http://blog.csdn.net/Cs_mary/article/details/78378552 ###prefetch 参数解释 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/#SRA_download.how_do_i_use_the_ 阅读全文
posted @ 2017-12-04 15:57 风中之铃 阅读(8827) 评论(0) 推荐(0)
6、git和github
摘要：参考：http://www.cnblogs.com/qianmojing/p/6484162.htmlhttp://www.jb51.net/article/70729.htmhttp://www.cnblogs.com/jhj117/p/4944790.htmlhttps://www.zhihu. 阅读全文
posted @ 2017-09-17 15:39 风中之铃 阅读(223) 评论(0) 推荐(0)
5、预测和鉴定miRNA的靶基因
摘要：转载：http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来，一直备受关注，俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“ 阅读全文
posted @ 2017-09-12 11:50 风中之铃 阅读(13781) 评论(0) 推荐(0)
4、在线blast比对结果解析（保守结构域）
摘要：转载：http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 标签： NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程，常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计 阅读全文
posted @ 2017-09-12 11:10 风中之铃 阅读(7410) 评论(0) 推荐(0)
3、Linux下配置Java环境
摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_c5a35e780102wtxl.html 生物信息很多软件都是用java写的，所以需要在linux上配置java运行环境。平台上的java 是1.7x的版本，但是一些生物信息软件（比如picard，trimmomatic,GATK 阅读全文
posted @ 2017-09-03 17:16 风中之铃 阅读(664) 评论(0) 推荐(0)
1、转载 bwa的使用方法
摘要：http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml http://www.plob.org/?p=25 bwa的使用需要两中输入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data ( 阅读全文
posted @ 2017-09-01 22:20 风中之铃 阅读(622) 评论(0) 推荐(0)
17、GATK使用简介 Part2/2
摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs：13/01/12: 增加了一篇文献，外加一些无聊的修改。12/08/20: 修正了一个代码错误；增加了对-rf(Read filters)参数的说明。12/08/1 阅读全文
posted @ 2017-08-15 21:08 风中之铃 阅读(1244) 评论(0) 推荐(0)
16、GATK使用简介 Part1/2
摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件，里面包含了很多有用的工具。 网址：http: 阅读全文
posted @ 2017-08-15 21:06 风中之铃 阅读(1792) 评论(0) 推荐(0)
15、使用ggtree实现进化树的可视化和注释（转载）
摘要：本文作者：余光创，目前就读于香港大学公共卫生系，开发过多个R/Bioconductor包，包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree，GOSemSim和ReactomePA。 进化树看起来和层次聚类很像。有必要解释一下两者的一些区别。 层次聚类的侧重点在于分 阅读全文
posted @ 2017-06-15 16:46 风中之铃 阅读(7500) 评论(0) 推荐(0)
12、IGV-Integrative Genomics Viewer
摘要：1、IGV的网址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/（java环境） 常见的几种输入格式bam/sam(比对文件) TDF(bam的精简版) bed（注释文件） gtf/gff（注释文件） PSL(blat比对结果) VCF(snp,in 阅读全文
posted @ 2017-06-04 22:12 风中之铃 阅读(3286) 评论(0) 推荐(0)
13、辅助工具和网址
摘要：1、diagram designer是一款简单易用流程图绘制工具。 视频教程http://v.youku.com/v_show/id_XMjkwMTEyNDgw.html 2、cygwin是一个在windows平台上运行 的类unix模拟环境，比安装双系统和虚拟机要方便。 安装教程：http://w 阅读全文
posted @ 2017-05-31 20:31 风中之铃 阅读(217) 评论(0) 推荐(0)