19、SOAP安装，运用与比对结果解释

转载：http://www.dengfeilong.com/post/Soap2.html https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71108344 软件下载网址：http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPaligner-v2.19-Linux-x86_64.tar.gz 1、该软件是二进制的，解压后可以直接用，加压后可看到2bwt-builder，soap两个可以执行的文件 1.1 用2bwt-builder对fa文件建立索引 使用方法：2bwt-builder 1.2. 将reads与序列进行比对 SE:/Soap/soap2.21release/soap –a -D -o

PE:/Soap/soap2.21release/soap –a -b -D -o -2 -m -x 1.3 *.pe *se的比对文件格式类似; *ue是未比对上的read,以fa的格式保存。 从左到右 1. 编号: read 的编号 2. read的序列.如果read比对上参考序列的负链，会被反向互补为正链 3. 质量值:序列的质量值，和序列顺序一致，如果read反向互补，质量值也会随着改变 4. 比对上的次数: 最优比对的次数。没有比对上的read将被忽略 5. a/b:pair-end比对的标记, 表示read属于来自哪个文件 6. 长度: read长度,如果是容缺失的比对，长度将是加上缺失片断的长度 7. +/-: 比对上参考序列的正链或负链 8. 染色体名称:参考序列的染色体名称 9. 位点:第一个碱基在染色体上的位置，从1开始 10. 错配的个数 11. 错配的详细信息 12. 比对上的数目 13. 对比的细节