随笔分类 -  生物信息

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41、OrthoMCL和mcl软件进行基因家族分析
摘要：转载：http://www.realbio.cn/news/124.html https://blog.csdn.net/seallama/article/details/43820763 http://www.cnblogs.com/huangying78/p/8638506.html 1. 数据 阅读全文
posted @ 2018-12-16 12:51 风中之铃 阅读(4889) 评论(0) 推荐(0)
40、inner mate distance for paired reads in a bam file
摘要：参考：https://www.biostars.org/p/106291/#106344 1、inner mate distance : the distance from the right most end of the left read to the left most end of the 阅读全文
posted @ 2018-06-26 22:50 风中之铃 阅读(252) 评论(0) 推荐(0)
39、count_rpkm_fpkm_TPM
摘要：参考：https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-seqblog.com/rpkm-fpkm-and-tpm-clearly-explained/ It 阅读全文
posted @ 2018-06-20 22:51 风中之铃 阅读(1441) 评论(0) 推荐(0)
38、生物数据库
摘要：核酸数据库：一级：NCBI NIH EMBL ENA DDBJ NIG (共同组成INSDC) ENsemble JCVI(宏基因组，HMP： Human Microbiome Project)等 二级：wormBase FlyBase Unigene等 蛋白数据库： 一级：蛋白序列数据库 Swis 阅读全文
posted @ 2017-12-10 18:09 风中之铃 阅读(1335) 评论(0) 推荐(0)
37、链特异建库
摘要：参考文献：http://www.jianshu.com/p/a63595a41bed http://kaopubear.top/categories/ ####生物信息和编程 RNA-seq基本流程 下图是一个大概的RNA-seq基本流程 把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步 阅读全文
posted @ 2017-11-21 22:38 风中之铃 阅读(7071) 评论(0) 推荐(0)
38、EST序列拼接流程
摘要：转载：http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201241014835362/ http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html EST 对EST序列进行冗余查找，利用CD_HIT软件 阅读全文
posted @ 2017-09-01 22:15 风中之铃 阅读(1264) 评论(0) 推荐(0)
36、EST-SSR标记开发
摘要：转载：http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420124131096557/ MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR)，EST序列或是基因组序列都可以。另外，还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具，通过这个工具，可以把 阅读全文
posted @ 2017-08-31 22:21 风中之铃 阅读(701) 评论(0) 推荐(0)
35、多重比对序列的格式及其应用
摘要：转载：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1711 这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结。在做系统演化分析、序列功能分析、基因预测等，都需要涉及到多重序列比对。特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时，会遇到各 阅读全文
posted @ 2017-08-31 22:14 风中之铃 阅读(1599) 评论(0) 推荐(0)
34、NCBI的子库名称
摘要：转载：http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420107188527933/ 参考资料： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html 18个子库的缩写和全称如下。事实上如果做过 阅读全文
posted @ 2017-08-31 21:08 风中之铃 阅读(729) 评论(0) 推荐(0)
33、VCF格式
摘要：GT：样品的基因型（genotype）。两个数字中间用’/'分 开，这两个数字表示双倍体的sample的基因型。0 表示样品中有ref的allele； 1 表示样品中variant的allele； 2表示有第二个variant的allele。 因此： 0/0 表示sample中该位点为纯合的，和re 阅读全文
posted @ 2017-08-29 18:12 风中之铃 阅读(851) 评论(0) 推荐(0)
32、Differential Gene Expression using RNA-Seq (Workflow)
摘要：https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:14 风中之铃 阅读(3143) 评论(0) 推荐(0)
31、NGS 常用分析软件
摘要：转载：http://www.zilhua.com/2081.html 参考资料：http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/NGS/software.htm 1. Mapping BFAST: A fast and accurate tool for mapping of sh 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:11 风中之铃 阅读(1064) 评论(0) 推荐(0)
31、SAM文件中flag含义解释工具--转载
摘要：转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6362996.html SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools. 阅读全文
posted @ 2017-08-26 16:47 风中之铃 阅读(1391) 评论(0) 推荐(0)
30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
摘要：转载：http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组？ map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题，是基因组测序（DNA-seq）还是转 阅读全文
posted @ 2017-08-23 17:13 风中之铃 阅读(2351) 评论(0) 推荐(0)
28、cd-hit去除冗余序列
摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址：http://cd-hit.org ；http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ ； 下载：http://www.bioinformatics.org 阅读全文
posted @ 2017-08-23 16:10 风中之铃 阅读(3795) 评论(0) 推荐(0)
27、BLASTN的参数
摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5ecfd9d90100ksui.html http://www.docin.com/p-704735699.html 与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个 阅读全文
posted @ 2017-08-23 14:37 风中之铃 阅读(6340) 评论(0) 推荐(0)
26、HDF5 文件格式简介
摘要：转载：庐州月光 http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6907733.html 三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5 格式，在做三代数据的分析之前，有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 转载：庐州月光 http://www.cnblo 阅读全文
posted @ 2017-08-20 14:05 风中之铃 阅读(594) 评论(0) 推荐(0)
25、转录本(transcript)组成(gtf文件的第三列)
摘要：转录本(transcript)长度范围 3214482 到3671498 3214482--3216021 3216022--3216024 3216025--3216968 3421702--3421901 3670552--3671348 3671346--3671348 3671349--36 阅读全文
posted @ 2017-08-20 13:15 风中之铃 阅读(2426) 评论(0) 推荐(0)
24、嵌合体序列Chimeras
摘要：转载：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html 嵌合体序列：由来自两条或者多条模板链的序列组成，示意图如下： 在PCR反应中，在延伸阶段，由于不完全延伸，就会导致嵌合体序列的出现，以上图为例， 在扩增序列X的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部 阅读全文
posted @ 2017-08-19 18:19 风中之铃 阅读(516) 评论(0) 推荐(0)
24、sam- 详解
摘要：http://note.youdao.com/share/?id=312fa04209cb87f7674de9a9544f329a&type=note#/ https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM 编辑距离Edit Distance：从字符串 阅读全文
posted @ 2017-08-19 17:52 风中之铃 阅读(1233) 评论(0) 推荐(0)

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