随笔分类 -  生物信息

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22、IDP-ASE
摘要：IDPASE https://github.com/bdeonovic/IDPASE.jl Prepare necessary input files （1）FASTQ file of your hybrid-Seq data ##cat fq1 fq2 cat fq1 fq2 >fq (2) PS 阅读全文
posted @ 2017-08-18 17:53 风中之铃 阅读(453) 评论(0) 推荐(0)
21 、GPD-PSL-VCF
摘要：https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9 1、Variant Call Format(VCF) Example 2、Gene Predictions (Extended)（GPD） The following definition is u 阅读全文
posted @ 2017-08-17 16:37 风中之铃 阅读(393) 评论(0) 推荐(0)
20、BLAST比对及结果介绍
摘要：1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta -p F -o T -n T 阅读全文
posted @ 2017-08-16 17:20 风中之铃 阅读(5031) 评论(0) 推荐(0)
17、SAM文件格式说明（转载迷宫中的将军）
摘要：1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式，是一种制表符分隔的文本格式，包含一个可选的头部分（header section，有人称之为“注释部分”），和一个比对部分（alignment section）。如果包含头部分，那么头部分必须置于比对部分之前。头部分的行 阅读全文
posted @ 2017-08-10 20:11 风中之铃 阅读(1677) 评论(0) 推荐(0)
15、TSA数据上传（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide/#SP）
摘要：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide ###TSA提交流程 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2/ ### 阅读全文
posted @ 2017-08-01 10:35 风中之铃 阅读(2098) 评论(0) 推荐(0)
14、SRA数据上传
摘要：1、ncbi登陆，进入SRA,进入new submission 2、 1）SUBMITTER 2）PROJECT TYPE Raw sequence reads 和 ranscriptome or Gene expression monoisolate(单样本) multiisolate（同一个物种 阅读全文
posted @ 2017-07-19 10:51 风中之铃 阅读(1553) 评论(0) 推荐(0)
14、批量处理文件
摘要：1、批量建立文件 1) touch A{1..10} 或 touch linux-`seq 10` 2) for i in {1..10};do echo $i; touch $PWD/; done 3) 2) for i in `seq 10`;do echo $i; touch $PWD/; d 阅读全文
posted @ 2017-07-17 09:00 风中之铃 阅读(310) 评论(0) 推荐(0)
13、基因组的拼接原理（转载沈梦圆的博客）
摘要：最近学习了一下基因组的拼接原理，以下是我的学习笔记和一些思考。基因组的拼接原理是高通量测序技术的基础知识吧，我个人认为即使不做基 因组拼接工作，也可以学习一下几个主流拼接软件的算法和原理。我主要是学习了两个网上教程，其教程出处为https://github.com/ TGAC/361Division 阅读全文
posted @ 2017-07-12 16:36 风中之铃 阅读(7965) 评论(0) 推荐(0)
12、geo数据上传
摘要：1、注册一个NCBI账户 注册geo账户（老用户和新用户）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 有3个月的时间 GEO DataSets >> GEO Home >> Login to Submit >> Recover Account (老用户 阅读全文
posted @ 2017-07-10 14:17 风中之铃 阅读(2201) 评论(0) 推荐(0)
11、序列比对
摘要：概念： 如果两个序列享有一个共同的进化上的祖先,则这两个序列是同源的(homologous) 直系同源:若一一个基因原先存在于某个物种,而而该物种分化为了两个物种,两个物种中的相同的基因功能未变化; 旁系同源的序列因基因复制(gene duplication)而被区分开(separated):若生生 阅读全文
posted @ 2017-07-03 13:58 风中之铃 阅读(518) 评论(0) 推荐(0)
10、RNA-seq for DE analysis training（Mapping to assign reads to genes）
摘要：1、Goal of mapping 1）We want to assign reads to genes they were derived from 2）The result of the mapping will be used to construct a summary of the cou 阅读全文
posted @ 2017-06-30 17:12 风中之铃 阅读(309) 评论(0) 推荐(0)
9、IPA通路分析相关网页教程
摘要：IPA FAQ: http://ingenuity.force.com/ipa/IPATutorials# ####有各种相关教程和帮助文件。 IPA 分析结果展示： http://www.lucidusbio.com/pro/showproduct.php?lang=cn&id=32 IPA从头手 阅读全文
posted @ 2017-06-28 14:17 风中之铃 阅读(1240) 评论(0) 推荐(0)
8、Transcriptome Assembly
摘要：Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Created by Benjamin M Goetz, las 阅读全文
posted @ 2017-06-18 20:56 风中之铃 阅读(342) 评论(0) 推荐(0)
7、RNAseq Downstream Analysis
摘要：Created by Dennis C Wylie, last modified on Jun 29, 2015 Created by Dennis C Wylie, last modified on Jun 29, 2015 Created by Dennis C Wylie, last modi 阅读全文
posted @ 2017-06-18 20:54 风中之铃 阅读(643) 评论(0) 推荐(0)
6、RNA-Seq Analysis Pipeline
摘要：Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2015 Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2 阅读全文
posted @ 2017-06-18 20:51 风中之铃 阅读(829) 评论(0) 推荐(0)
5、bam格式转为bigwig格式
摘要：1、Bam2bigwig（工具） https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam_files_into_bigwig_for_UCSC_Genome_Browser tutor f 阅读全文
posted @ 2017-06-15 15:11 风中之铃 阅读(4596) 评论(0) 推荐(0)

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